PythonとRのランタイム

Settings → Runtimes を開き、ノートブックやエージェントに利用可能な Python および R 環境を選択します。 環境の Ready ステータスは、成功した検出/セットアップを示します。 Enableスイッチは、エージェントの可用性を個別に制御します。

アプリ管理環境または既存の通訳者を選択します。 使用前にパス、バージョン、準備状態、および有効スイッチを点検して下さい。 システム R およびアプリ管理 R は共存できます。

Platform

macOSWindowsLinux

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プロジェクトの環境を選択

通訳者名、パス、バージョンを記録します。 最初のPython分析では、独立したアプリ管理環境を好むため、パッケージの変更は関連のない研究環境を変更しません。 インストールを要求する前に、必要なライブラリの Packages をインスペクトします。 成功したパッケージのリストは、読み取り専用チェックです。 外部通訳者を変更するには、エージェントの許可を付与しません。

実行失敗の後、未利用可能な通訳者、不足しているパッケージ、拒否されたリクエスト、コードエラーを区別します。 再インストールは、すべての失敗した分析のためにではなく、壊れた管理されたランタイムのために適切です。 結果を再現する必要がある場合は、入力バージョンとコードをランタイムの詳細とともに保持します。

主な制御を理解する

コントロール	目的と境界
Recheck	発見された通訳者とそのステータスをリフレッシュします。 パネルは最後のチェックの時間を示します。 競合するセットアップ作業中に利用できません。
Network settings	Notebookネットワーク保護のための構成を開けて下さい。 バナーは、セッションとパッケージのダウンロードが承認されたドメインに制限されているかどうかを説明します。
Let the Agent create environments	エージェントが環境を作成したり、不足しているランタイムを設定したりするかどうかを制御します。 このオフを有効にすると、明示的なユーザー設定や修理制御は削除されません。
Add interpreter…	既存の通訳者のためのシステム実行可能なピッカーを開きます。 実際の実行可能を選択し、検出されたパスと既読状態を確認します。
Download and set up	不足しているときにアプリ管理環境を用意します。
Cancel セットアップ中	実行中のセットアップのキャンセルをリクエストします。 別のものを始める前に解決する操作を待って下さい。
Retry setup	原因を解決した後、失敗したセットアップを繰り返します。
[環境] を有効にします。	エージェントの選択のために環境を利用できるようにして下さい。 使用中の環境を無効にすると、衝撃確認が必要です。
Allow package install	外部のPythonまたはR環境の分離された同意。 R は、選択した個人ライブラリに限られます。 パッケージのリストは、インストールの同意を必要としません。
パッケージ [count]	インストールされたパッケージの在庫を、その通訳者のために開きます。
Reinstall	アプリケーション管理された環境を再構築する前に、確認を開きます。

アプリ管理環境のインストール

アプリ管理Pythonをインストールする

1. Python → App-managed environment を検索します。
2. Download and set up を選択します。
3. 進行中のメッセージを読み、待ちます。 セットアップが実行される間Cancelは利用できます。
4. 成功すると、conda: デフォルト-python、App-managed、Ready を確認します。
5. 通訳者パスとconda を有効にする: default-pythonスイッチをチェックします。

Ready、選択されたインタープリアーパス、および有効な状態を確認します。 パッケージのカウントとバージョンは、インストールソースと異なる場合があります。 スクリーンショットの一時的なパスを恒久的な環境の場所として使用しないでください。

アプリ管理Rをインストールする

1. Settings → Runtimes を開き、R にスクロールします。
2. App-managed environment では、Download and set up を選択します。 既存のシステムRは、この別々の環境をインストールしないようにします。
3. ダウンロードや環境作成をお待ちしています。 アプリケーションを開いたままにして、再試行する前にエラーを読んでください。
4. conda: デフォルト-r、App-managed、Ready、および有効なスイッチを確認します。
5. Packages を開きます。 Filter packagesでr-baseを入力し、インストールされたRバージョンとチャンネルを確認します。 全てのパッケージを見るためにフィルターをクリアします。

r-base のフィルタリングは、バージョンとチャネルでインストールされた R パッケージを返します。 パッケージの合計はあなたの環境を反映し、スクリーンショットと異なる場合があります。

既存の通訳者を接続する

R をコンピュータに既にインストールしている

Recheckを選択し、検出されたRパスとバージョンを調べます。 通訳者が不在の場合、Add interpreter… を使用して実行可能を選択します。 ReadyとEnableは異なる意味を持っています: 検出は、通訳者が利用可能であることを確認します。 エージェントで選択可能にする

R Notebookでは、使用中の環境を確認するためにR.home()を確認してください。 依存関係をインストールするには、外部Rインストール手順 を使用して個人ライブラリを承認します。

/opt/homebrew/bin/Rなどの検出されたパスは、システムのインストールを識別します。

外部のPythonを登録し、使用して下さい

1. 使用するPython環境を用意します。
2. Add interpreter… を選択し、Python 実行可能を選択し、Ready、パスとバージョンを確認してください。
3. Recheck を使用して、検出を検証し、特定の環境を有効にします。
4. エージェントがNotebookで明示的に選択するように依頼します。
5. sys.executableとPythonバージョンをプリントして、インストールされたライブラリに依存します。

macOSファイルピッカーでシンリンク通訳が選択できない場合は、意図した環境の実際の実行可能を選択します。 結合した後、sys.executable を確認します。 スクリーンショットの一時的な例のパスではなく、安定したインストールパスを使用します。

パッケージの許可とインストール結果

外部のPython環境で新しいパッケージについては、まずAllow package installを確認してください。 許可を付与した後、インストールが完了し、継続する前に同じ環境でインポートを検証するのを待ちます。

インストールが 403 Forbidden または destination resolves to a non-public network address を報告する場合、影響を受けたホスト名を調べて、再試行する前に ネットワーク に従ってください。 これらのエラーはネットワークアクセスを懸念し、パッケージが利用できなくなったことを証明しません。 ネットワーク保護を有効にします。

Notebookで利用する環境を無効化

Enable スイッチを選択し、確認する前にアクティブ/アイドルカーネルのカウントを読み込みます。 Disablingはカーネルを閉じることができます。 再エナブル後、セッションの利用可能なランタイムを再度選択します。 このパネルは、別の通訳者の削除アクションではなく、有効/無効な制御を提供します。

外部にパッケージをインストール R

既存の R 通訳者が機能するが、追加のパッケージが必要な場合は、これを使用してください。 アプリケーションは、システムやサイトライブラリではなく、既存の個人ライブラリへのインストールアクセスを許可します。

1. Settings → Runtimesでは、意図した外部R環境を有効にし、そのパス/バージョンを確認します。
2. Personal R package library では、検出された場所を調べたり、適格なライブラリを選択したりします。 どれも検出されない場合は、Advanced options → Choose library folder… を使用して、既存の書き込み可能な個人ライブラリを R インタープリタに表示します。 このアクションはフォルダーを作成しません。
3. Allow package installを有効にします。 許可する前に選択したパスを読みます: このライブラリを使用して他のプロジェクトは、インストールされたパッケージの変更を見ることができます。
4. アプリのパッケージ管理操作で必要なパッケージをリクエストし、このR環境を命名します。 インストール結果とカーネル再起動の指示に従ってください。
5. R.home()、.libPaths()、library(PACKAGE_NAME)、packageVersion("PACKAGE_NAME")を実行し、パッケージプレースホルダーを交換します。 意図したライブラリが解析を継続する前に使用されていることを確認してください。

Allow package install をオフにして、将来のインストール同意を取り消すことができます。 既に書かれているパッケージをアンインストールしません。 別のライブラリを選択する前に、同意を取り消す。 対象となるフォルダーが存在しない場合、アプリの外部に個人的な R ライブラリを用意するか、アプリ管理環境を使用する。 失敗したチェックをバイパスするシステムライブラリを選択しないでください。

キャプチャされたロックからパッケージを復元する

保存した結果、Provenance → Environment を開き、キャプチャされたロックを検査します。 Download bundle は提供されたとき使用して下さい。 バンドルの指示と前提条件を読んで、何かを修復します。

外部Rは利用できるrenv取付けおよび支えられたrenv.lockを要求します; 外的なPythonは固定されたハッシュが付いている既存の支えられた条件ロックを要求します。 通訳者パスとパッケージ名だけのリストは十分ではありません。 キャプチャされた通訳者、プラットフォーム、アーキテクチャ、パッケージマネージャーの要件は、復元環境に一致する必要があります。

バンドルを抽出し、所有する新しい書き込み可能な宛先を選択し、バンドルされた指示に従って、実際の通訳者と宛先パスで付属のrestore-packages.pyを実行します。 スクリプトは、パッケージを復元する前に前提条件とチェックサムをチェックし、効果的なバージョンとパスを確認します。 チェックが失敗した場合は、ロックを編集して成功を強制するのではなく、その条件を解決します。 Open-Scienceは、この外部の宛先を採用または削除しません。

これは、条件付きパッケージ修復、完全な環境クローンではありません。 結果を再オープンし、サポートされているキャプチャされたレシピが出力を比較するために使用できるときに 再現性 を使用します。

インストールされたパッケージの点検

選択する Packages 意図した上で Python カード。 ダイアログでは、環境のパス、パッケージソース、ステータスを表示します。

Filter packagesのnumpyなどのパッケージ名を入力し、そのバージョンとチャンネルを調べ、リストを復元するためにフィルターをクリアします。 Close を使って戻ります。

テーブルの列はName、Version、Build、Channelです。 ビルドのダッシュはビルド値が示されていないことを意味します。 このダイアログはインベントリです。パッケージインストールやアンインストールボタンはありません。 このダイアログ内で「パッケージのインストール」フィールドを探さないでください。

実際の解析で環境を検証

選択した環境で小さな計算を実行し、その出力を再開し、共有ベースラインと比較します。 実行とエクスポートのR Notebookに従ってください。

データ品質ワークフロー は既存の依存関係を使用して Python ルートを提供します。 成功した計算は、新しいパッケージがインストールできるか、カーネルが再起動されていることを実証しません。

インポートが失敗した場合は、選択したランタイムとそのインストールパッケージを調べます。 ホスト名が予約されたアドレスに解決するので、ダウンロード拒否のために、ネットワークに従ってください。 既存のパッケージでコードを実行すると、追加のパッケージがインストールできるわけではありません。

別の分析の前に、選択した環境で必要なパッケージを調べます。 必要に応じて、サポートされているパッケージ管理操作を使用して、実際の結果を読み、任意の再起動要件に従い、インポートを確認します。 許可の承認、進行カード、またはReadyの通訳者は輸入テストではありません。

不完全な環境または実行証拠で保存された結果のために、Provenanceを開き、欠落した情報をチェックします。 再現性チェック用の新しいバージョンを作成するには、環境準備 に従ってください。 数値結果の一致は、欠如の実証を埋めません。

アクティブ通訳者の確認

Python または R を準備した後、対応する Notebook 言語で次のコマンドを実行して、実際のバージョンとパスを確認します。 設定は、いくつかの環境をリストすることができます。 現在のランの出力を使用して、使用中のものを特定します。

Python:

import sys
print(sys.version)
print(sys.executable)

R:

R.version.string
R.home()

次に、小さなプロジェクトテーブルを読んで、その行数を確認し、結果を保存します。 アプリを再オープンした後、解析を継続する前に再度チェックを実行します。 読みやすい履歴レポートは、前のメモリ変数がまだ存在するわけではありません。 Notebook の制御については、Notebookと実行証拠 を参照してください。

維持し、修理環境

セットアップと再試行のキャンセル

Download and set up では Cancel を選択し、実行時間の設定をキャンセル を待ちます。 Retry setup を選択し、Ready を待ち、Packages を開き、環境を検査します。 最初の操作がまだ設定されていない間、2番目のセットアップは起動しません。

管理された環境を再インストールする

1. 必要なレポートを保存し、追加したパッケージを記録します。
2. 目的の管理環境でReinstallを選択します。
3. 衝撃の通知を読んで、そしてReinstall runtimeを選んで下さい。
4. Ready を待って Packages を検査します。
5. 新しい Notebook セルを起動し、保存した入力と出力を再オープンします。

再インストールは環境を削除し、再作成します。 運動回復では、**キャンセル: このセルが実行中にランタイムが停止しました。**でアクティブセルがキャンセルされました。 古いNotebookの歴史は見えてきましたが、その名前空間はもはや存在しません。 以前の変数が存在しないことを確認した新鮮なセル。 変更されていないCSVはまだ12行と269,027,617カウントを返し、保存されたレポートは再開しました。

保持されたファイルと保持されたカーネルのメモリは異なります。 必要なコードを再実行することで変数を再作成します。 追加パッケージを再インストールする必要があります。 ベース環境の回復は、すべての追加依存症の回復を確立しません。

開発ビルド:micromambaが見つかりませんでした

開発プロセスがmicromambaを見つけることができないので、ソースビルドの最初の試みは暫定前に失敗しました。

パッケージアプリケーションには、このバイナリが含まれています。 ソースビルドでは、そのプロセスの起動環境で実行可能な有効なマイクロマバでOPEN_SCIENCE_MICROMAMBA_BINを指し、開発インスタンスを再起動します。 バイナリパスを互換性のあるインストールから使用し、再発する前に実行可能であることを確認します。

この環境変数は、Runtimes ページのフィールドではなく、開発セットアップの詳細です。 この検出エラーを回避するために、環境ディレクトリを削除しないでください。

Windows に Bioconductor パッケージを追加する

Bioconda は Windows パッケージを提供しません。アプリ管理の Windows R では Agent に Notebook パッケージインストーラーの installer="biocmanager" を指定させ、DESeq2 のように大文字・小文字を維持します。承認前に対象環境を確認し、Linux 用の bioconductor-* Conda 名や無関係なシステム R ライブラリへ置き換えないでください。

結果と対象環境の Packages を確認し、同じ R 環境でロードします。依存関係やコンパイルのエラーは別途解決が必要です。BiocManager の選択だけでは成功を保証しません。外部 R は従来のライブラリ権限に従います。