Перейти к основному содержимому

Функциональное обогащение для набора генов-кандидатов

Практический пример Преднамеренно выбранный список генов повреждения ДНК человека

Превратите определенный список генов в таблицу обогащенных биологических процессов и путей, сохраняя отображения идентификаторов, статистические данные и исходные версии.

Перед запуском следуйте Научные базы данных, чтобы включить необходимые разъемы. Используйте подключенную модель и доступный Среда выполнения Notebook.

В первом примере используется g:Profiler; Enrichr и STRING сравнение использует те же символы общедоступного гена 11 в v0.33.3. Они были выбраны для своих известных биологических ролей, поэтому ожидается обогащение. Они не являются результатом дифференциального выражения проекта GSE60450 или свидетельством беспристрастного открытия.

1. Определите список генов и параметры анализа​

  1. В Settings → Connectors, сделать Гены и онтологии доступным для агента. Откройте сеанс с подключенной моделью и доступным временем выполнения Notebook.
  2. Укажите организм, генные идентификаторы, источники данных и статистический фон. Для реальных экспериментальных данных обосновывайте фон с помощью генов, которые могли быть отобраны экспериментом. В этом учебнике явно используются все аннотированные гены, а не обычная измеренная вселенная генов.
  3. Отправьте следующее сообщение. Сохраняйте запрос в исходной версии и вызов на обогащение в течение одного сеанса и сохраняйте их фактические результаты.
Use Genes & Ontologies through Session Notebook for an English g:Profiler
tutorial. The deliberately selected gene list is TP53, ATM, ATR, CHEK1,
CHEK2, BRCA1, BRCA2, RAD51, CDKN1A, GADD45A, MDM2.
First call list_enrichment_sources with organism hsapiens.
Then call enrich_gene_set with these genes, organism hsapiens,
sources GO:BP and REAC, domain_scope annotated,
correction_method fdr, and user_threshold 0.05.
Save the full response as dna-damage-enrichment.json, all returned terms
as dna-damage-enrichment.csv, and query, source versions, mappings,
background and limitations as dna-damage-enrichment-notes.md.
Retain unmapped, ambiguous and duplicate identifiers. Treat mapped_genes
as the returned mapping object. Report errors instead of inventing results.
This is not differential-expression evidence or evidence of regulation direction.

2. Проверьте идентификаторы и исходные версии​

Откройте сгенерированные заметки и проверьте количество запросов и карт. Этот запуск отображал идентификаторы 11/11, с 0 некартированными, двусмысленными или дублирующими идентификаторами. Он записывал GRCh38.p14, g:Profiler e114_eg62_p19_27110d83, GO классы 2026-01-23 и Reactome классы 2026-03-20. Более поздняя версия сервиса может возвращать разные условия.

Сохранение английского запроса, фона, исходных версий и проверки идентификатора

3. Проверить таблицу обогащения​

Откройте CSV и сравните его с полным JSON. Этот забег вернул 891 термины в FDR 0.05. В предварительном просмотре показаны только первые строки 100; Этот предел отображения не является общим количеством результатов. Сохраните source, native, исправленные p_value, intersection_size, query_size и effective_domain_size при интерпретации термина.

Таблица фактического обогащения с исправленными вероятностями и размерами доменов

Аналитические заметки · Все строки результатов 891 · Полный ответ

background_size: null означает, что не было представлено ни одного пользовательского справочного списка; Это не означает статистическую вселенную нулевых генов. Используйте временный эффективный размер домена. Обогащение не устанавливает причинно-следственную связь, дифференциальное выражение или регулирование вверх/вниз. Смотрите Параметры работы.

4. Сравните Enrichr с обогащением сети STRING​

Enrichr спрашивает, какие наборы аннотаций преувеличены в представленных генах. Обогащение PPI STRING спрашивает, имеют ли белки больше сетевых взаимодействий, чем ожидалось. Это различные тесты; Это не независимая репликация биологического результата.

  1. В Settings → Connectors включите Гены и онтологии и факультативный; По умолчанию: "gtex_v8" для агента.
  2. Создайте проект Генный набор повреждений ДНК и откройте новую сессию. В данном примере используются Codex и Session Notebook.
  3. Перечислите доступные библиотеки Enrichr, прежде чем выбрать одну. Для этого сравнения используйте фиксированную библиотеку GO_Biological_Process_2025, чтобы сохраненные результаты имели идентифицируемую версию аннотации. Новая библиотека может давать разные результаты.
  4. Отправьте эту подсказку и откройте сгенерированные заметки после завершения прогона:
Compare Enrichr functional enrichment with STRING PPI enrichment for
TP53, ATM, ATR, CHEK1, CHEK2, BRCA1, BRCA2, RAD51, CDKN1A, GADD45A, MDM2.
Use the built-in Genes & Ontologies and Protein Annotation connectors
through Session Notebook. List the current human Enrichr libraries;
use GO_Biological_Process_2025 with max_results 500 if available.
Run STRING PPI enrichment with species 9606 and required_score 700.
Save raw_connector_responses.json, enrichment_comparison_results.csv
and analysis_notes.md in English. Retain the query, source versions,
identifier mappings, reported background, n_total_results, n_results
and truncated flag, plus raw and adjusted P values where provided.
These genes were deliberately selected for known DNA-damage roles.
Do not infer unbiased discovery, causal regulation or expression direction.
Distinguish annotation enrichment from excess network interactions.
If STRING returns a P value of 0, preserve it as returned without claiming
an exact zero probability or inventing a numerical precision threshold.

Проверьте входы и полный ответ​

Откройте analysis_notes.md и сравните его с raw_connector_responses.json. В сентябрьском выпуске 28 были перечислены библиотеки 228 и возвращены условия 305/305 для выбранной библиотеки с truncated: false. max_results по умолчанию 100; Реакция 100 может быть неполной. Проверяйте флаги ответов и запрашивайте больший лимит, вплоть до 500, когда это необходимо.

STRING отображал все гены 11 без неотснятых идентификаторов и записывал версию 12.0, организм 9606 и порог оценки 700. Enrichr сообщает о mapping_status: not_reported_by_enrichr; Не копируйте результат отображения STRING в запись Enrichr. Не было предоставлено никакого специального фона. Покрытие Enrichr библиотечным геном 14,674 является метаданными, а не точным статистическим фоновым размером.

Фактические входные данные, версия библиотеки, полный подсчет результатов и проверка идентификатора

Прочитайте два результата отдельно​

Откройте раздел результатов заметок и используйте CSV или сырой JSON для полного списка. Первым термином Enrichr был Клеточный ответ на ионизирующее излучение (GO: 0071479), с скорректированным P приблизительно 3.60 × 10⁻¹¹. STRING вернул 44 Наблюдаемые края среди Узлы 11, против 6 ожидаемые края. Его зарегистрированное значение P было 0; Это числовой выход службы, а не доказательство нулевой вероятности.

Термины Enrichr и отдельный результат сетевого обогащения STRING

CSV имеет 305 Enrichr строки плюс 6 STRING сводные строки. Последние представляют собой сетевую статистику, а не дополнительные обогащенные термины. Термины Enrichr GO пересекаются, а STRING объединяет несколько каналов доказательств; a Край STRING не обязательно означает прямое физическое связывание. Преднамеренно выбранный ввод в основном демонстрирует инструменты и их записи.

Примечания к сопоставлению · Полная таблица сравнения · Оригинальные отклики разъема

Параметры: Enrichr библиотеки, Обогащение Enrichr, STRING PPI обогащение. Чтобы сохранить сеанс и доказательства вместе, Экспорт пакета .science.

Последнее обновление