Перейти к основному содержимому

Функциональное обогащение для набора генов-кандидатов

Практический пример Преднамеренно выбранный список генов повреждения ДНК человека

Превратите определенный список генов в таблицу обогащенных биологических процессов и путей, сохраняя отображения идентификаторов, статистические данные и исходные версии.

Перед запуском следуйте Научные базы данных, чтобы включить необходимые разъемы. Используйте подключенную модель и доступный Среда выполнения Notebook.

В этом примере v0.31.1 используются публичные символы гена 11 для демонстрации g:Profiler. Они были выбраны для своих известных биологических ролей, поэтому ожидается обогащение. Они не являются результатом дифференциального выражения проекта GSE60450 или свидетельством беспристрастного открытия.

1. Определите список генов и параметры анализа​

  1. В Settings → Connectors, сделать Гены и онтологии доступным для агента. Откройте сеанс с подключенной моделью и доступным временем выполнения Notebook.
  2. Укажите организм, генные идентификаторы, источники данных и статистический фон. Для реальных экспериментальных данных обосновывайте фон с помощью генов, которые могли быть отобраны экспериментом. В этом учебнике явно используются все аннотированные гены, а не обычная измеренная вселенная генов.
  3. Отправьте следующее сообщение. Сохраняйте запрос в исходной версии и вызов на обогащение в течение одного сеанса и сохраняйте их фактические результаты.
Use Genes & Ontologies through Session Notebook for an English g:Profiler
tutorial. The deliberately selected gene list is TP53, ATM, ATR, CHEK1,
CHEK2, BRCA1, BRCA2, RAD51, CDKN1A, GADD45A, MDM2.
First call list_enrichment_sources with organism hsapiens.
Then call enrich_gene_set with these genes, organism hsapiens,
sources GO:BP and REAC, domain_scope annotated,
correction_method fdr, and user_threshold 0.05.
Save the full response as dna-damage-enrichment.json, all returned terms
as dna-damage-enrichment.csv, and query, source versions, mappings,
background and limitations as dna-damage-enrichment-notes.md.
Retain unmapped, ambiguous and duplicate identifiers. Treat mapped_genes
as the returned mapping object. Report errors instead of inventing results.
This is not differential-expression evidence or evidence of regulation direction.

2. Проверьте идентификаторы и исходные версии​

Откройте сгенерированные заметки и проверьте количество запросов и карт. Этот запуск отображал идентификаторы 11/11, с 0 некартированными, двусмысленными или дублирующими идентификаторами. Он записывал GRCh38.p14, g:Profiler e114_eg62_p19_27110d83, GO классы 2026-01-23 и Reactome классы 2026-03-20. Более поздняя версия сервиса может возвращать разные условия.

Сохранение английского запроса, фона, исходных версий и проверки идентификатора

3. Проверить таблицу обогащения​

Откройте CSV и сравните его с полным JSON. Этот забег вернул 891 термины в FDR 0.05. В предварительном просмотре показаны только первые строки 100; Этот предел отображения не является общим количеством результатов. Сохраните source, native, исправленные p_value, intersection_size, query_size и effective_domain_size при интерпретации термина.

Таблица фактического обогащения с исправленными вероятностями и размерами доменов

Аналитические заметки · Все строки результатов 891 · Полный ответ

background_size: null означает, что не было представлено ни одного пользовательского справочного списка; Это не означает статистическую вселенную нулевых генов. Используйте временный эффективный размер домена. Обогащение не устанавливает причинно-следственную связь, дифференциальное выражение или регулирование вверх/вниз. Смотрите Параметры работы.

Последнее обновление