Python 与 R 运行环境

在 Settings → Runtimes 选择 Notebook 和代理可使用的 Python、R 环境。Ready 表示解释器已检测或准备就绪，Enable 开关单独决定代理能否选择该环境。

可以选择应用管理的环境或已有解释器。使用前核对路径、版本、Ready 状态和 Enable 开关。系统 R 与应用管理的 R 可以并存。

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选择会在章节间保留。

为项目选择运行环境

记录解释器名称、路径和版本。首次 Python 分析可优先使用应用托管环境，避免修改其他研究依赖的环境。请求安装软件包前先在 Packages 中确认依赖是否已存在。查看软件包列表是只读操作，不会自动授予代理修改外部解释器的权限。

执行失败时，分别判断解释器不可用、缺少依赖、请求被拒绝或代码本身出错。只有托管运行环境确实损坏时才考虑重装，不能把所有分析错误都归因于环境。复现结果时同时保留输入版本、代码和运行环境信息。

主页面控件

控件	用途与边界
Recheck	重新发现解释器并检测状态，更新最后检查时间；冲突的安装任务进行时不可用
Network settings	打开 Notebook 网络保护配置。提示条说明会话和包下载是否仅能访问批准的域名
Let the Agent create environments	控制代理是否可创建环境及准备缺失运行时；关闭后仍可由用户主动安装或修复
Add interpreter…	打开系统可执行文件选择器。选择实际可执行文件后，确认检测到的路径与 Ready 状态
Download and set up	环境缺失时，准备应用管理的环境
安装期间的 Cancel	请求取消安装，等待状态结束后再启动其他操作
Retry setup	解决错误原因后重试
Enable [environment]	允许代理选择该环境。禁用正在使用的环境时可能需要确认影响
Allow package install	已启用的外部 Python 或 R 环境提供的单独安装授权；R 授权限定在选定的个人库。查看包列表不需要安装授权
Packages [count]	打开该解释器的已安装包清单
Reinstall	在重建应用管理环境前打开确认

安装应用管理的环境

安装应用管理的 Python

1. 找到 Python → App-managed environment。
2. 选择 Download and set up。
3. 查看进度并等待，安装期间出现 Cancel。
4. 成功后确认出现 conda: default-python、App-managed 与 Ready。
5. 检查解释器路径及 Enable conda: default-python 开关。

确认 Ready、解释器路径和启用状态。包数量与版本随安装来源变化，不要把截图中的临时路径用作长期环境位置。

安装应用管理的 R

1. 打开 Settings → Runtimes，滚动至 R。
2. 在 App-managed environment 下选择 Download and set up。本机已有系统 R 时，仍可安装这个独立环境。
3. 等待下载和环境创建完成，期间保持应用打开。如出现错误，先阅读错误信息再重试。
4. 确认显示 conda: default-r、App-managed、Ready，并已启用。
5. 打开 Packages，在 Filter packages 输入 r-base，核对 R 版本与渠道；清空筛选可查看全部安装包。

筛选 r-base 后，确认显示已安装 R 包及其版本、渠道。包总数取决于你的环境，可以与截图不同。

接入已有解释器

使用本机已经安装的 R

选择 Recheck，检查发现的 R 路径和版本。如果没有出现目标解释器，使用 Add interpreter… 选择其可执行文件。Ready 表示已检测就绪，Enable 决定代理能否选择该环境。

在 R Notebook 中检查 R.home()，确认实际环境。需要安装依赖时，按外部 R 包安装步骤授权个人库。

/opt/homebrew/bin/R 这类路径表示系统安装。

注册并使用外部 Python

1. 准备需要使用的 Python 环境。
2. 选择 Add interpreter…，选中 Python 可执行文件，检查 Ready、路径和版本。
3. 使用 Recheck 复查，再启用该环境。
4. 要求代理为 Notebook 明确选择这个解释器。
5. 先输出 sys.executable 和 Python 版本，确认实际环境后再使用依赖。

若 macOS 文件选择器无法选中符号链接解释器，选择目标环境的实际可执行文件。绑定后检查 sys.executable。使用稳定安装路径，不要沿用截图中的临时示例路径。

包安装授权与实际结果

外部 Python 环境需要安装新包时，先检查 Allow package install 授权。允许安装后，等待操作结束，并在同一环境中验证导入，再继续分析。

安装报告 403 Forbidden 或 destination resolves to a non-public network address 时，检查受影响域名，按网络说明处理后再重试。这些错误属于网络访问问题，不能据此认定软件包不存在。保持网络防护开启。

禁用 Notebook 正在使用的环境

切换 Enable 后，先阅读活动与空闲内核数量再确认。禁用可能关闭内核；重新启用后，仍需为会话选择可用运行时。该配置提供启用、禁用控件，没有单独的 Remove interpreter 操作。

在外部 R 环境安装包

已有 R 解释器可以运行、但缺少依赖包时，使用这项功能。应用只授予一个已有个人库的安装权限，不授权系统库或站点库。

1. 在 Settings → Runtimes 启用目标外部 R 环境，确认路径和版本。
2. 在 Personal R package library 检查检测到的位置，或选择合适的库。没有检测结果时，使用 Advanced options → Choose library folder…，选择该 R 解释器可见且可写的已有个人库。此操作不会创建文件夹。
3. 启用 Allow package install。授权前核对路径：其他项目如果也使用这个库，会受到包安装变化的影响。
4. 通过应用的包管理操作请求安装所需包，并明确指定该 R 环境。查看安装结果，按提示处理内核重启。
5. 在该环境运行 R.home()、.libPaths()、library(PACKAGE_NAME) 和 packageVersion("PACKAGE_NAME")，将包名占位符替换为实际包名。确认使用预期的库后，再继续分析。

关闭 Allow package install 可撤销后续安装授权，但不会卸载已经写入的包。需要更换库时先撤销授权。没有符合条件的文件夹时，在应用外准备个人 R 库，或使用应用管理的环境；不要选择系统库来绕过检查。

根据捕获的锁文件恢复依赖

打开已保存结果的 Provenance → Environment，查看捕获的锁文件。有 Download bundle 时可下载恢复包，先阅读包内说明和前置条件。

外部 R 需要可用的 renv 和受支持的 renv.lock；外部 Python 需要已有、受支持且固定哈希的 requirements 锁文件。只有解释器路径或包名列表并不足够。恢复环境必须满足记录的解释器、平台、架构和包管理器要求。

解压恢复包，选择自己拥有且可写的新目标位置，按包内说明运行 restore-packages.py，传入真实的解释器与目标路径。脚本先核对前置条件和校验值，再恢复包并检查生效的版本与路径。检查失败时应处理对应条件，不要修改锁文件来强行通过。Open-Science 不会接管或删除这个外部目标位置。

这属于有条件的依赖恢复，不是完整环境克隆。需要比较输出时，重新打开结果，在有受支持的捕获执行过程时使用复现检查。

检查安装包

选择目标 Python 卡片的 Packages。对话框显示该环境的路径、包来源与状态。

在 Filter packages 输入 numpy 等包名，检查版本与渠道，清空筛选可恢复列表，点击 Close 返回。

列名为 Name、Version、Build、Channel。Build 中的横线表示未显示构建值。这个对话框用于查看清单；没有安装或卸载包的按钮，不应在这里寻找 “Install package” 输入框。

用真实分析验证环境

在所选环境执行小型计算，重新打开输出，与公共基准比较。执行与导出步骤见 R Notebook。

数据质量工作流提供使用已有依赖的 Python 路线。计算成功不代表新增包安装或内核重启已经验证。

导入包失败时，先检查选中的运行环境及包清单。若下载因域名解析为保留地址而被拒绝，按网络处理。已有包能运行，不代表额外软件包已经可以安装。

其他分析前检查所选环境是否包含所需包，必要时使用支持的包管理操作，阅读真实结果，按要求重启并验证导入。授权、进度卡片或 Ready 解释器都不能代替导入测试。

保存结果的环境或执行证据不完整时，打开 Provenance 查看缺少的信息。需要生成可用于复现检查的新版本时，按环境准备步骤处理。数值匹配不会补齐缺失的来源证据。

确认实际使用的解释器

准备好 Python 或 R 后，在对应语言的 Notebook 中运行下面的命令，检查实际版本与路径。设置页列出的环境可能不止一个，以本次运行的输出为准。

Python：

import sys
print(sys.version)
print(sys.executable)

R：

R.version.string
R.home()

然后读取一份项目中的小表格，检查行数并保存结果。重新打开应用后如需继续分析，再运行一次检查；历史报告可读取，不代表上次的内存变量仍在。Notebook 操作见Notebook 与执行证据。

维护和修复环境

取消安装后重试

在 Download and set up 期间选择 Cancel，等待出现 Runtime setup cancelled。选择 Retry setup，等到 Ready 后打开 Packages 检查环境。前一个操作尚未结束时不要重复发起安装。

重装托管环境

1. 保存需要保留的报告，记录自行增加的依赖。
2. 在目标托管环境选择 Reinstall。
3. 阅读影响说明，再选择 Reinstall runtime。
4. 等待 Ready，检查 Packages。
5. 启动新的 Notebook 单元，并重新打开已有输入和产出。

重装会删除并重建环境，正在执行的单元可能被取消并显示 Run cancelled: the runtime was stopped while this cell was executing. Notebook 历史可保留，但旧命名空间不会恢复。重装后先运行解释器检查，再重新执行产生所需变量的代码，并打开已保存文件确认可用。

文件保留不等于内存变量保留。继续分析前重新执行必要代码。后来添加的软件包可能需要重装，基础环境恢复不能证明每个额外依赖也已恢复。

开发构建提示 micromamba not found

源码开发版第一次安装时，由于进程没有找到 micromamba，在准备环境前失败。

正式安装包包含该程序。开发构建可在启动进程环境中，将 OPEN_SCIENCE_MICROMAMBA_BIN 指向有效的 micromamba 可执行文件，然后重启开发实例。确认程序可执行后再重试；不要修改已安装应用的内部文件。

这个环境变量属于开发启动配置，不是 Runtimes 页面的输入字段。不要通过删除环境目录处理此发现错误。

在 Windows 安装 Bioconductor 包

Bioconda 不提供 Windows 包。在应用管理的 Windows R 环境中，请让 Agent 使用 Notebook 包安装器，选择 installer="biocmanager"，保留 R 包名的大小写，例如 DESeq2。批准安装前确认目标环境。不要改成仅适用于 Linux 等平台的 bioconductor-* Conda 包名，也不要装进无关的系统 R 库。

检查安装结果与该环境的 Packages 列表，再在同一个 R 环境中加载包。依赖或编译错误仍需处理；选择 BiocManager 不等于安装成功。已有外部 R 环境继续遵循其库目录权限。