Fichiers, artefacts et versions
Conserver le fichier original, la copie téléchargée et l'artefact généré distinctement. Cette page couvre la propriété, la recherche de fichiers et les révisions sauvegardées. Voir Aperçus pour les commandes de visualisation et Sessions pour les paquets d'exportation.
Joindre une entrée ou une référence un dossier
Utilisez Composer → + → Attach files, sélectionnez GSE60450_Lactation-GenewiseCounts.txt, attendez la puce de fixation et prévisualisez-la avant d'envoyer. Le nom de l'affichage reste reconnaissable; le chemin d'entrée géré peut inclure un suffixe de somme de contrôle. L'élimination d'une puce annule son inclusion dans l'ébauche, et non le fichier original sur le disque. Your files sélectionne un fichier de projet existant au lieu de le télécharger à nouveau.
Une référence de dossier est utile lorsque plusieurs entrées doivent rester sur le disque. Dans Files → Filter project files → This computer → Add folder…, accédez à un sous-dossier spécifique et choisissez Read-only ou Read & write. Passez en revue la confirmation de l'arrêt du noyau avant Grant this folder. Changer l'accès au fichier Notebook arrête les noyaux actifs afin que leurs permissions puissent être recréées. Annuler laisse la subvention proposée inappliquée. La sélection des dossiers et les permissions sont détaillées dans Projets.
| Contrôle des fichiers locaux | Action et état résultant |
|---|---|
| Chemin du répertoire | Entrez un répertoire autorisé, puis accédez à celui-ci |
| Aller au répertoire parent | Déplacer un répertoire dans les règles d'accès du navigateur |
| Aller à | Choisissez un emplacement enregistré |
| Actualiser le répertoire | Recharger la liste des répertoires |
| Épingler ce dossier | Ajouter/supprimer un raccourci d'emplacement; supprimer ne supprime pas le dossier |
| Ligne de fichier | Ouvrir le fichier dans un aperçu |
| Recharger le fichier | Relisez le fichier externe après qu'il ait changé |
| Plus d'actions → Copier le chemin | Copier le chemin du fichier externe |
| Plus d'actions → Enregistrer comme artefact | Enregistrer une copie de projet gérée; attendre d'être sauvé |
| Télécharger | Enregistrer une copie externe via le flux de sauvegarde de la plate-forme |
Une subvention en lecture seule protège le répertoire externe tout en permettant des sorties dans l'espace de travail du projet. Utilisez les contrôles de fichiers locaux ci-dessus pour rafraîchir les sources et enregistrer les copies gérées.
Pour un dossier existant, ouvrez Files, sélectionnez le menu déroulant Artifacts, puis This computer → Add folder…. Dans la boîte de dialogue de l'application Grant folder access, choisissez un sous-dossier spécifique et Read-only, puis Grant this folder. La racine du profil utilisateur peut ne pas être disponible; sélectionner le sous-dossier de recherche à la place. Lire n'importe quelle confirmation d'impact Notebook-kernel. En retournant aux fichiers, vérifiez le dossier sélectionné et ses fichiers.
Dans la boîte de dialogue Windows Attach files, sélectionnez un fichier à partir d'un chemin contenant des caractères ou des espaces chinois, ou entrez son chemin complet dans le champ File name et ouvrez-le. Retournez dans l'application, vérifiez le nom de la pièce jointe et prévisualisez les dimensions et le contenu de la table. Pour abandonner une sélection, choisissez Cancel et vérifiez qu'aucune nouvelle pièce jointe n'a été ajoutée à l'ébauche.
Rechercher les intrants et les résultats générés
- Ouvrez Files et sélectionnez Filter project files → All artifacts.
- Lire Your uploads séparément de Generated files regroupés par session.
- Sélectionnez List view pour les noms et les tailles, ou Grid view pour les cartes visuelles.
- Saisissez un fragment de nom de fichier dans Search project files, comme
rnaseq. Vérifiez les noms correspondants et les sessions de propriétaire. - Effacer la recherche pour afficher les fichiers exclus par ce filtre.
- Expand files ouvre la plus grande bibliothèque; Exit full screen files retourne dans l'espace de travail.
Le nombre décrit le filtre actuel. Une recherche sans correspondances ne supprime pas les fichiers. No more signifie que le groupe a terminé le chargement. Effacer un groupe par son cap. Utilisez l'action de prévisualisation d'un corps de fichier pour un modal, ou Ouvrir ... en vue scindée à côté de la session pour conserver la conversation à côté. Télécharger agit sur le fichier/version sélectionné par cette surface.
Retournez dans un dossier local et enregistrez une copie de lecture
- Ouvrez Files → Filter project files → This computer et entrez le répertoire source autorisé dans Directory path.
- Sélectionnez Pin this folder. Naviguez ailleurs, puis Go to → Pinned pour revenir. Remove bookmark, ou la ligne épinglée Unpin, supprime le raccourci seulement.
- Choisissez Refresh directory pour voir les nouveaux noms de fichiers ajoutés. Pour un fichier déjà ouvert modifié en dehors de l'application, utilisez Reload file pour relire son contenu.
- Dans l'aperçu local, choisissez More actions → Save as artifact et attendez Saved.
- Revenez à All artifacts → Your uploads et rouvrez la copie sauvegardée. Il a géré les commandes de version et aucun chemin source locale dans l'en-tête.
Réouvrir la copie gérée et comparer son contenu avec la source locale. Les modifications ultérieures de source ne mettent pas à jour la copie enregistrée automatiquement. Utilisez les étapes de conflit de versions ci-dessous lors de l'édition de contenu géré.
Modifier un rapport et comparer les versions
Exemple pratique Ajouter une note de lecture et comparer les révisions des rapports
Ouvrez un fichier de texte géré ou Markdown. L'exemple ci-dessous ajoute une note de lecture à un rapport existant; Enregistrer crée une nouvelle révision sans changer l'entrée originale ou rediffusion de son analyse.
- Ouvrez le fichier Markdown géré et sélectionnez Modifier rnaseq-qc-report.md.
- Modifier le champ source. Conserver la méthode existante et le texte de provenance.
- Sélectionnez Save changes. L'en-tête passe de v1 à v2.
- Sélectionnez Comparer ... avec sa version source. Le texte ajouté apparaît dans la vue de la différence.
- Utilisez Arrête de comparer pour retourner à la déclaration rendue.
- Sélectionnez Previous file version pour inspecter v1, puis Next file version pour revenir à v2.
| Contrôle/état d'édition | Que faire |
|---|---|
| Enregistrer les modifications désactivées | Faire un changement valide; texte inchangé n'a rien à enregistrer |
| Annuler | Jeter l'ébauche d'édition actuelle |
| Flèches de version désactivées | Aucune version plus ancienne ou plus récente n'existe dans ce sens. |
| Comparer les désactivés | Aucune comparaison source-version prise en charge n'est disponible |
| Enregistrer le conflit | Rechargez la version actuelle et réconciliez votre changement; ne supposez pas que votre projet a renversé un autre écrivain |
| Modifier en l'absence | Ce type de fichier ou source n'est pas modifiable dans ce visionneur; ne s'attendent pas à ce que les fichiers binaires ou la table CSV deviennent des éditeurs de tableurs |
Les fichiers gérés texte/code et Markdown peuvent exposer l'édition. Le CSV démontré est resté un tableau en lecture seule; les images et autres formats binaires n'obtiennent pas d'édition de texte via cette fonctionnalité. Une modification manuelle crée une révision de fichier; il ne réexécute pas le Notebook ni ne crée un examen de modèle. Se référer à Preuves de Notebook avant de citer l'historique de production d'une version.
Résoudre un conflit de sauvegarde sans perdre l'une ou l'autre édition
Si un autre auteur enregistre le rapport pendant que votre éditeur reste ouvert, Save changes peut retourner Une version plus récente de ce fichier est disponible. Afficher la dernière version. Votre ébauche n'a pas remplacé cette version plus récente.
- Préservez votre texte non enregistré avant de modifier les vues.
- Sélectionnez View latest version. Si Discard unsaved changes? apparaît, annulez jusqu'à ce que vous ayez conservé les modifications dont vous avez besoin.
- Ouvrez le dernier rapport enregistré et inspectez les autres ajouts de l'auteur.
- Sélectionnez Edit, réappliquez vos modifications à ce dernier texte et enregistrez.
- Réouvrir le résultat et utiliser les flèches de version pour inspecter les révisions antérieures.
Après l'enregistrement, confirmez que la dernière révision contient à la fois le changement de l'autre auteur et votre brouillon conservé. Les révisions antérieures des fichiers demeurent disponibles grâce aux contrôles de versions; Ces révisions sont séparées des révisions de conversation-message.
Pour réexécuter un résultat capturé et comparer sa sortie, utilisez Reproductibilité. Pour une copie portable des branches de conversation, des fichiers et des preuves, utilisez un Paquet de recherche .science.
Exporter sans perdre le dossier de recherche
Utilisez le fichier Download pour enregistrer un résultat. La session Download all artifacts enregistre les fichiers choisis dans un dossier; Le projet Download artifacts… crée un ZIP avec des chemins generated et uploads séparés. Les deux exposent les contrôles de sélection. Lire sa portée, ses noms de fichiers et sa destination avant de confirmer. Conversation Export est une opération de transcription, distincte du téléchargement des fichiers de recherche. Voir Sessions pour les sélections et téléchargements réouverts. Une copie téléchargée ne contient pas l'état complet de l'application en direct, les identifiants ou les entrées externes.
Conservez la matrice de comptage originale, la CSV, la figure et les méthodes de rapport ensemble pour réutilisation. Le flux de données fournit les fichiers testés et les valeurs d'acceptation exactes. Si un téléchargement échoue, vérifiez l'autorisation de destination et l'espace disque libre, puis réessayez; un fichier externe partiel ne modifie pas la version gérée sauvegardée.
Ouvrir un rapport téléchargé
Sélectionnez la version du rapport et choisissez Download. Ouvrez le fichier enregistré .md dans un éditeur de texte et vérifiez ses en-têtes, paragraphes et données. Retour à l'aperçu de l'application pour le rapport formaté.
Ouvrez le fichier .md téléchargé dans Notepad. Notepad affiche Markdown source: les marqueurs de cap tels que ## et backticks formatent des caractères. Vérifiez les titres, les paragraphes et le contenu de la table. Retournez à l'aperçu de l'application pour lire le rapport formaté.
Préserver le fichier sélectionné au moyen de copies et d'exportations
Lorsque vous copiez un message avec des références gérées, collez-le dans la conversation prévue et inspectez chaque pièce jointe/référence résultante avant d'envoyer. Un nom de fichier lisible n'est pas suffisant : ouvrez la référence et validez son propriétaire et sa version actuelles.
Avant d'exporter des artefacts sélectionnés ou un paquet, confirmez la sélection complète, attendez le résultat et rouvrez les fichiers téléchargés. Si une édition, un rafraîchissement ou une exportation échoue, conservez le projet et la version source tout en vérifiant le résultat réel enregistré. Un rafraîchissement échoué n'établit pas qu'une sauvegarde précédente a échoué.
Références de mise en œuvre: références copiées, sélection complète des exportations et prévisualiser les modifications. Si une pièce jointe signale Le fichier géré ou sa session est supprimé, rebranchez l'entrée actuelle prévue dans l'application et inspectez sa propriété; Voir Dépannage.
Sources: bibliothèque de fichiers de projets, actions de fichiers locaux.