Paquets de recherche .science

Un paquet de recherche .science rassemble des branches de conversation, des fichiers et des preuves enregistrées pour un transfert. Un collègue peut l'importer dans un projet et inspecter le dossier de recherche. Les sessions importées sont en lecture seule. À partir de v0.31.0, utilisez Fork dans l'application de bureau pour créer une copie en écriture et poursuivre la recherche.

Choisissez ce que vous devez partager

Ce dont le bénéficiaire a besoin	Exportation vers l'utilisation
Lire ou modifier le texte de la conversation	Conversation PDF ou Markdown.
Utiliser les fichiers d'origine sélectionnés	Téléchargements de fichiers ou un artefact ZIP.
Inspecter ensemble les branches, les dossiers et les preuves de la conversation	A .science le paquet de recherche.

Un paquet peut contenir du matériel de recherche téléchargé, du texte de conversation et des résultats générés. Examinez son contenu avant de partager. C'est une copie indépendante: supprimer le travail local ne supprime pas les paquets déjà envoyés à d'autres.

Les conversations Side Chat, lecture de signets privé et leurs notes sont exclues du paquet. Mettre l'information dont le destinataire a besoin dans un rapport enregistré ou la conversation avant d'exporter.

Vérifier la version du destinataire

Les paquets exportés par v0.33.0 incluent les métadonnées RO-Crate 1.1 dans ro-crate-metadata.json. Il décrit l'instantané final exporté et les fichiers immuables sélectionnés, y compris les noms de fichiers, les types de médias et leurs relations. Re-exporter reconstitue ces références pour le nouvel instantané.

Utilisez v0.33.0 ou un lecteur compatible ultérieur pour ouvrir ces nouvelles exportations : ils déclarent la capacité requise de ro-crate. Mettre à jour une ancienne application de réception avant d'importer; le renommage ou la suppression des métadonnées n'est pas une correction de compatibilité. Les anciens paquets existants restent lisibles sans migration.

Ces métadonnées se déplacent à l'intérieur du paquet .science. Il ne redirige pas les calculs, n'accorde pas d'accréditation ou ne remplace pas le contrôle de reproductibilité sur une version d'artefact.

Exportation d'un dossier de recherche

1. Terminer ou arrêter le travail pendant la session. Ouvrez son menu et choisissez Export → Export Session package.
2. Examiner la portée de l'exportation et les limites de contenu ou de taille omises.
3. Confirmez l'exportation et enregistrez le fichier .science dans le dossier prévu.
4. Suivez les progrès jusqu'à ce qu'ils soient terminés, puis utilisez Show in folder pour localiser le fichier.

Option d'exportation	Comment choisir
Export essentiel	conserver les métadonnées essentielles en matière d'enregistrement et de documentation; omettre la documentation facultative PDF.
Export complet	Inclure la documentation disponible PDF et le contenu supplémentaire affiché dans l'aperçu.
Personnaliser le contenu	Choisir des documents individuels PDF, des fichiers optionnels et des versions; les éléments de preuve nécessaires demeurent inclus.

Les métadonnées bibliographiques sont toujours incluses. Si une documentation PDF est nécessaire, Essential export n'est pas disponible; utiliser Full export ou Customize contents et conserver le fichier requis. L'exportateur ne récupère pas les textes complets manquants. Vérifiez les PDF et la taille indiqués avant de confirmer; Full export ne supprime pas chaque taille ou limite de contenu.

Exemple pratique Remise d'un échantillon de session de QC

Cet exemple dans Open-Science v0.31.1 exporte une session qui résume le Tableau QC de l'échantillon GSE60450, l'importe dans un autre projet sur le même Mac, et continue à partir d'une Fork utilisant Codex subscription. Commencez par la session complète contenant gse60450-qc-summary.csv; le tableau d’entrée seul ne constitue pas le paquet de recherche.

Choisissez Essential export, vérifiez le contenu et la taille estimée, puis Export. L'aperçu de cette session a estimé 805.6 KiB. Attendez Package operation completed avant d'importer le fichier sauvegardé; La taille de votre session sera différente.

Importation dans un projet

Sur la page New conversation vide d'un projet, choisissez Importer une recherche précédente et sélectionnez un fichier .science ou faites glisser le fichier sur cette page. L'attachement d'un fichier à une conversation existante n'est pas le flux d'importation de paquets de recherche. Examiner le projet cible et le contenu dans l'aperçu d'importation, confirmer et attendre l'achèvement avant d'ouvrir l'enregistrement en lecture seule.

1. Ouvrez le menu de destination Projet et choisissez Import Session package…, ou déposez un fichier .science dans ce projet. Ouverture d'un fichier associé vous demande directement de choisir le projet de destination.
2. Consultez l'aperçu du colis, la destination et le contenu inclus ou omis, puis confirmez l'importation.
3. Attendez l'achèvement et choisissez Open imported Session.
4. Inspectez les branches de conversation et ouvrez les fichiers nécessaires au transfert. Vérifiez que vous pouvez trouver les entrées et les résultats pertinents à votre prochaine tâche.

Pour cet exemple, sélectionnez le projet de destination Public Genomics Examples. L'aperçu d'importation liste Branche 1, messages 3 et fichiers 13. Il indique également que les titres de compte, les autorisations et les identités de continuation des fournisseurs sont exclus. Vérifiez ces détails avant de sélectionner Import.

Ouvrez la session importée et son résumé CSV. L'avis Imported research history confirme que cette copie est en lecture seule et ne peut pas exécuter de code ou poursuivre une conversation directement.

Utiliser le dossier de recherche reçu

1. Sélectionnez Fork to continue dans la session importée, ou Fork dans son menu de session. Attendez Fork completed et ouvrez la nouvelle session. Le code ne s'exécute pas automatiquement.
2. Inspectez le résumé hérité, choisissez un modèle disponible et confirmez que l'exécution Python est prête. Cet exemple a utilisé Codex subscription / gpt-5.6-sol. Les lettres de créances et les permissions importées ne donnent pas d'autorisation sur l'installation qui les reçoit.
3. Envoyez l'invite suivante. Si une approbation Python apparaît, inspecter le calcul demandé et l'approuver pour continuer.

Use Python in Session Notebook with the standard library only.
Read the inherited gse60450-qc-summary.csv. Do not modify inherited files.
Compute total_raw_counts_sum divided by sample_count using decimal.Decimal
with precision 28. Save research-package-continuation.csv with metric,value
rows in this order: sample_count, total_raw_counts_sum,
mean_raw_counts_per_sample. Save research-package-continuation.md with the
input filename, calculation and result. Do not use the network or delegate.
Keep everything in English and return links to both new files.

4. Ouvrez les deux nouveaux fichiers. Cette opération a retourné des échantillons de 12, un nombre brut total de 269027617 et une moyenne de 22418968.08333333333333333333. La moyenne récapitule le tableau de Qc fourni; il n'est pas une expression normalisée ou un résultat d'expression différentielle.

Résumé hérité · Nouveau calcul · Notes de calcul

Les deux nouveaux fichiers sont enregistrés dans le Fork ; les fichiers récapitulatifs de la session source et de la session importée restent inchangés. Voir Créer un Fork d’une session existante. L’utilisation importée est exclue des totaux d’activité locaux.

Un dossier de vérification reçu décrit les vérifications fournies par l'expéditeur. Cela ne signifie pas que cet ordinateur a réexécuté les vérifications. Lire la version du fichier, les critères de comparaison et le résultat; voir Reproductibilité pour savoir comment ces contrôles fonctionnent.

Régler la vitesse de transfert et suivre les progrès de fond

Avant d'exporter, choisissez Customize contents → Transfer settings. Au cours d'une exportation ou d'une importation, étendez Détails du transfert. Définissez Limite d’activité du disque à Auto pour un réglage automatique ou choisissez une limite fixe. Des limites plus basses réduisent l'activité du disque et prennent plus de temps. Lis et écrit partagent cette limite; ce n'est pas une vitesse de téléchargement sur Internet.

Choisissez Run in background pour continuer l'opération avec la boîte de dialogue cachée. Rouvrir les détails de l'entrée de l'arrière-plan de progression dans la fenêtre pour inspecter le fichier actuel, l'avancement et l'activité disque. Attendez l'achèvement avant de vérifier le fichier exporté ou d'ouvrir la session importée.

Lorsque le contenu sensible des drapeaux d'exportation

Si l'exportation s'arrête à la vérification du contenu sensible, étendez Preuve de contenu sensible et inspectez les fichiers marqués. Enlevez les identifiants ou les documents privés de la source, puis commencez une nouvelle exportation quand ils ne devraient pas être partagés.

Si le matériel signalétique fait intentionnellement partie d'un transfert autorisé, l'exportation ratée offre Je comprends le risque et souhaite exporter quand même, suivie de Exporter quand même. Cela inclut le contenu marqué sans reformulation; Ce n'est pas un filtre de confidentialité. La reconnaissance appartient à cette tentative d'exportation et doit être sélectionnée à nouveau après un échec. Examiner le paquet résultant avant de le partager. Pour le dépannage des preuves, utilisez Exporter les diagnostics.

Annuler ou réessayer un transfert

Run in background cache la fenêtre de progression pendant que le transfert se poursuit. Utiliser Cancel pour arrêter; cacher la fenêtre n'annule pas l'opération.

Si le nettoyage est incomplet, utilisez Retry cleanup avant d'essayer à nouveau. Après un échec, Try again récupère le même fichier et la même destination. Choisissez un autre paquet séparément si c'est votre intention. Vérifiez l'opération existante avant de commencer une deuxième importation, puis inspectez la session importée et les fichiers quand elle se termine.

Rejouer un dossier de recherche reçu

Une fois l'importation terminée, choisissez View replay pour inspecter les étapes enregistrées ou Discuss pour demander à leur sujet dans une conversation en écriture. La source importée reste en lecture seule. Une référence de discussion ne recrée pas son temps d'exécution original; Utilisez Fork to continue pour une copie de travail. Voir Rejouer la session.

Importer dans un nouveau projet

Si une version ancienne échoue en adoptant un paquet dans le catalogue d'un nouveau projet, mettez à jour v0.37.0 ou plus tard, vérifiez si la destination existe déjà, et utilisez l'action de récupération de la boîte de dialogue d'importation avant de commencer une autre importation. Vérifiez la session et les fichiers résultants. La correction ne rend pas les sessions importées enregistrables : utilisez Fork pour poursuivre l'analyse.

Importer un paquet depuis un site Web

Utilisez une application de bureau installée sur le même ordinateur comme le navigateur. Le site Web doit offrir le transfert de paquets Open-Science; un lien de téléchargement ordinaire à lui seul ne le fournit pas.

1. Sur une page de paquet de confiance, sélectionnez son importation/action ouverte Open-Science. Permettre au navigateur d'ouvrir l'application de bureau. Si vous demandez un accès au réseau local, n'accordez-le qu'au site que vous comptez utiliser.
2. Gardez la page ouverte pendant que l'application affiche Receiving package… et Validating package…. Un message de réception du site Web ne confirme que la livraison à l'application.
3. Dans l'application, examinez le paquet, sélectionnez le projet de destination et confirmez l'importation. Attendez l'achèvement, puis ouvrez la session importée.
4. Inspectez ses dossiers et ses preuves. Le dossier de recherche reste en lecture seule; utilisation Fork to continue pour de nouvelles recherches. Modifier son titre ne rend pas la recherche importée inscriptible.

Si le retrait n'est pas disponible ou bloqué, téléchargez le .science fichier et utiliser le contrôle d'importation existant. Vous pouvez également la déposer sur la maison du projet. Une goutte de dossier normale dans le Compositeur n'importe pas un paquet. Si une importation signale une défaillance partielle, vérifiez la destination d'une session existante avant de réessayer; ne créez pas un autre projet simplement pour répéter le même transfert.

Pour les auteurs du site, navigateur-importation SDK guide nécessite HTTPS (ou une source de développement loopback), un handoff de bureau de même ordinateur et un paquet non vide pas plus de 2 GiB. Le reçu local ne remplace jamais la confirmation d'importation finale de l'utilisateur.

Utiliser les paquets de l'application Web CLI ou locale

De v1.0.5, l'authentifié local Web utilise les commandes du navigateur pour envoyer et télécharger les .science les colis. Les sessions Web distantes ne gagnent pas cette capacité. Les mise à disposition du site Web vers le bureau reste un flux séparé.

Télécharger ou télécharger sur le Web local

1. Ouvrez l’espace de travail local prévu et attendez que la session source soit inactive. Dans son menu, choisissez Export → Export Session package, sélectionnez le contenu, puis Choose save location… pour préparer le paquet.
2. Attendez que le paquet finisse sa préparation. Sélectionner Download à côté du nom du paquet rempli, puis enregistrez-le dans le navigateur. Un paquet de backend préparé n'est pas encore un téléchargement de navigateur enregistré; vérifiez le téléchargement .science fichier avant de le partager.
3. Pour importer, utilisez le contrôle d'importation du paquet du projet et sélectionnez un .science fichier de votre ordinateur. Attendez le téléchargement et la validation, examinez le paquet et le projet de destination, puis confirmez l'importation.
4. Ouvrez la session importée et vérifiez ses fichiers. Le dossier de recherche est en lecture seule. Pour le poursuivre, ouvrez le même espace de travail dans l’application de bureau et choisissez Fork to continue. Fork n’est pas disponible dans Web.

Si le envoi, le téléchargement ou l'importation échoue, inspecter le résultat affiché et la destination avant de réessayer. Ne traitez pas un fichier reçu ou un téléchargement réussi comme une importation terminée.

Utiliser le CLI

Commencez d'abord le profil local prévu et attendez que la session source soit inactive. Remplacer ces identifiants et chemins par les vôtres :

open-science session export SESSION_ID --project PROJECT_ID --output ./session.science --json

L’exportation exige un chemin de sortie .science explicite. Le délai par défaut est d’une heure ; utilisez --timeout-ms pour un transfert volumineux et vérifiez le chemin retourné. Dans v1.0.5, importez les fichiers locaux par l’envoi dans Web local ou dans l’application de bureau. Le chemin fourni à session import dans le CLI peut être refusé avant la validation du paquet.

Commencer par un cas de recherche sur la page d'accueil

Sur la page d'accueil, choisissez Details sur une carte de cas pour lire sa page de cas officielle. Choisir Import pour télécharger son dossier de recherche. Suivre les progrès de préparation, de téléchargement et de vérification; Cancel arrête un transfert indésirable. Si le colis attend une destination, Continue rouvre la boîte de dialogue d'importation.

Examiner le projet de destination et confirmer l'importation. Ouvrir le résultat, inspecter les entrées et les sorties, puis utiliser Fork to continue dans l’application de bureau pour votre propre question. Télécharger vérification vérifie le transfert de colis; il ne valide pas les conclusions scientifiques de l'affaire ou fournit ses modèles d'identification.