跳到主要内容

.science 研究包

.science 研究包 将会话分支、文件和已记录的证据放在一起，供同事交接与查看。接收方可以将其导入项目，检查研究记录。导入会话仍为只读。从 v0.31.0 起，可以在桌面应用中使用 Fork 创建可编辑的副本，继续研究。

选择要分享的内容​

接收方需要什么使用哪种导出
阅读或编辑对话文字对话 PDF 或 Markdown
使用选定的原始文件文件下载或产物 ZIP
一起查看会话分支、文件和证据.science 研究包

研究包可能包含上传的研究材料、对话文字和生成结果。分享前先检查内容。导出是独立副本，删除本地工作不会移除已经发送给他人的包。

Side Chat 对话、私人阅读书签及备注不会包含在研究包中。同事需要的信息，应在导出前写入保存的报告或对话。

确认接收方版本​

v0.33.0 导出的研究包在 ro-crate-metadata.json 中包含 RO-Crate 1.1 元数据，描述最终导出快照与选定的不可变文件，包括文件名、媒体类型及相互关系。再次导出时，会为新快照重新生成这些引用。

使用 v0.33.0 或后续兼容的读取器 打开新导出的研究包：它们声明了必需的 ro-crate 能力。接收方版本较旧时，先更新应用再导入；改名或删除元数据不能解决兼容问题。原有旧研究包仍可读取，无需迁移。

这些元数据随 .science 研究包保存，不会重新执行计算、授予凭证，也不替代针对产物版本的可复现性检查。

导出研究包​

  1. 完成或停止会话中的工作，打开会话菜单，选择 Export → Export Session package。
  2. 检查导出范围，以及省略内容和大小限制。
  3. 确认导出，将 .science 文件保存到目标文件夹。
  4. 等待进度完成，再用 Show in folder 找到文件。
导出选项如何选择
Essential export保留必要记录和文献元数据，不含可选的文献 PDF
Full export包含可用的文献 PDF 及预览中显示的更多内容
Customize contents逐项选择文献 PDF、可选文件和版本；必需证据仍会包含

文献元数据始终保留。如果某份文献 PDF 是必需证据，Essential export 会不可用，应使用 Full export 或 Customize contents 并保留该文件。导出不会替你获取缺失的全文；确认前检查列出的 PDF 和大小，Full export 仍受内容及大小限制。

案例演示 交接样本质控会话

本例在 Open-Science v0.31.1 中，将汇总 GSE60450 样本质控表的会话导出，导入同一台 Mac 的另一个项目，再使用 Codex subscription 从 Fork 继续分析。起点是已经生成 gse60450-qc-summary.csv 的会话；单独的输入表格不是研究包。

选择 Essential export，检查内容和预计大小，再选择 Export。本例预览估计为 805.6 KiB。等待 Package operation completed 后再导入保存的文件；你的会话大小可能不同。

实际质控会话的导出选项与预计大小

导入到项目​

在项目的 New conversation 空白页，点击 Import previous research 选择 .science 文件，或把文件拖到该页面。选择已有会话中的附件入口不会替代研究包导入。打开导入预览后，检查目标项目和内容，再确认导入；等待完成后打开只读记录。

新会话中的 Import previous research 入口

  1. 打开目标 Project 菜单，选择 Import Session package…，或将一个 .science 文件拖入该项目。直接打开关联文件时，需要另选目标项目。
  2. 检查包预览、目标位置以及包含或省略的内容，再确认导入。
  3. 等待完成，选择 Open imported Session。
  4. 查看会话分支，并打开交接所需文件，确认能找到下一项工作涉及的输入和结果。

本例选择目标项目 Public Genomics Examples，导入预览显示 1 个分支、3 条消息、13 个文件，并说明不包含账户凭据、权限授权和提供方的会话续接身份。确认这些内容后选择 Import。

导入目标项目前的质控研究包预览

打开导入的会话及汇总 CSV。Imported research history 提示确认这份记录为只读，不能直接执行代码或继续对话。

导入的质控记录、继承的汇总文件和 Fork to continue 按钮

使用收到的研究记录​

  1. 在导入会话中选择 Fork to continue，或从会话菜单选择 Fork。等待 Fork completed，进入新会话；代码不会自动运行。
  2. 检查继承的汇总文件，选择可用模型，确认 Python 运行环境就绪。本例使用 Codex subscription / gpt-5.6-sol。原安装中的凭据与权限不会随包成为接收端的授权。
  3. 发送下方提示词。如果出现 Python 执行审批，先检查计算内容，再批准继续。
Use Python in Session Notebook with the standard library only.
Read the inherited gse60450-qc-summary.csv. Do not modify inherited files.
Compute total_raw_counts_sum divided by sample_count using decimal.Decimal
with precision 28. Save research-package-continuation.csv with metric,value
rows in this order: sample_count, total_raw_counts_sum,
mean_raw_counts_per_sample. Save research-package-continuation.md with the
input filename, calculation and result. Do not use the network or delegate.
Keep everything in English and return links to both new files.
  1. 打开两个新文件。本次得到 12 个样本、原始计数总和 269027617，平均值为 22418968.08333333333333333333。这是输入质控表的汇总，不是标准化表达量或差异表达结果。

Fork 完成后，Codex 实际创建的新计算文件

继承的汇总表 · 新计算结果 · 计算说明

两个新文件保存在 Fork 中，原会话和导入会话的汇总文件保持不变。通用操作见复制已有会话继续研究。导入的用量不会计入本机活动总量。

随包收到的验证记录描述发送方提供的检查，不代表这台电脑已经重新运行。阅读它对应的文件版本、比较条件和结果；检查方式见可复现性。

调整传输速度并查看后台进度​

导出前，选择 Customize contents → Transfer settings；导出或导入运行中，展开 Transfer details。通过 Disk activity limit 选择 Auto 自动调整，或指定一个固定上限。降低上限会减少磁盘占用，也会延长传输时间；该上限由读取和写入共同使用，不是网络上传速度。

选择 Run in background 后，研究包操作继续执行。通过窗口中的后台进度入口重新打开详情，查看当前文件、进度和磁盘活动。确认操作完成后再检查导出的文件或打开导入会话。

研究包的磁盘活动上限和传输设置

导出提示敏感内容时​

如果导出停在敏感内容检查，展开 Sensitive-content evidence，检查触发提示的文件。不应交接的凭据或私密资料应先从来源中移除，再发起新的导出。

若这些内容确实属于获准交接的资料，可在失败的导出中勾选 I understand the risk and want to export anyway，再点击 Export anyway。这会原样包含已标记内容，不做脱敏，不是隐私过滤功能。确认仅适用于这次导出尝试，失败后需重新勾选；分享前仍应检查生成的研究包。只需排查问题时，使用诊断导出。

取消与重试传输​

Run in background 隐藏进度窗口并继续传输；需要停止时使用 Cancel。关闭进度窗口不等于取消操作。

清理未完成时，先处理 Retry cleanup 再重试。失败后的 Try again 重试原文件和目标位置；需要换包时另行选择。再次导入前先检查已有操作，完成后回读导入的会话与文件。

回放收到的研究记录​

导入完成后，选择 View replay 查看记录步骤，或用 Discuss 在可写会话中提问。导入的源会话仍保持只读，讨论引用不会恢复原运行环境；需要工作副本时使用 Fork to continue。详见会话回放。

导入新项目​

旧版本接纳研究包到新项目目录时失败，可更新至 v0.37.0 或更高版本，先检查目标项目是否已存在，再使用导入对话框的恢复操作，避免重复导入。完成后核对会话与文件。这项修复不会让导入会话变成可写；继续分析仍需使用 Fork。

从网页导入研究包​

浏览器和已安装的桌面应用需要位于同一台电脑。网页必须提供 Open-Science 研究包传输功能；普通下载链接本身不具备这个功能。

  1. 在可信的研究包页面选择 Open-Science 导入／打开入口，允许浏览器打开桌面应用。如果浏览器请求本地网络访问，只授权给你打算使用的网站。
  2. 应用显示 Receiving package… 和 Validating package… 时，保持网页打开。网页显示已接收，只表示文件已送达应用。
  3. 在应用中核对研究包，选择目标项目并确认导入。等待完成后打开导入的会话。
  4. 检查文件与证据。研究记录仍为只读；需要继续研究时选择 Fork to continue。修改标题不会让导入的研究记录变为可写。

如果网页传输不可用或被阻止，先下载 .science 文件，再使用现有导入入口；也可以把它拖到项目首页。向 Composer 拖入普通文件夹不会导入研究包。导入报告部分失败时，先检查目标项目中是否已存在该会话，再决定是否重试，不要为重复传输另建项目。

网站开发者可参考浏览器导入 SDK 指南：需要 HTTPS（或本机回环开发地址）、同机桌面应用，以及非空且不超过 2 GiB 的研究包。本地接收不替代用户最后的导入确认。

在 CLI 或本地 Web 界面中使用研究包​

从 v1.0.5 起，经过身份验证的本地 Web 工作区通过浏览器上传、下载 .science 研究包。远程 Web 会话不因此获得这项能力。网站向桌面应用传包仍是另一条流程。

在本地 Web 中上传或下载​

  1. 打开目标本地工作区，等待源会话空闲。在会话菜单选择 Export → Export Session package，选择包内材料，再点击 Choose save location… 准备研究包。
  2. 等待研究包准备完成，再点击已完成包文件名旁的 Download，通过浏览器保存。后台准备好研究包不等于浏览器已经保存下载；分享前确认实际下载到了 .science 文件。
  3. 导入时，使用项目的研究包导入入口，从电脑中选择一个 .science 文件。等待上传与校验，检查包内容和目标项目，再确认导入。
  4. 打开导入后的会话并检查文件。研究记录为只读。要继续研究，在桌面版打开同一工作区，再选择 Fork to continue；Web 中不提供 Fork。

研究包准备完成后显示浏览器 Download 按钮

上传、下载或导入失败时，先检查界面结果与目标项目再重试。收到文件或上传成功，并不等于导入已经完成。

使用 CLI​

先启动目标本地配置的服务，并等待源会话空闲。将下面的标识与路径替换为实际值：

open-science session export SESSION_ID --project PROJECT_ID --output ./session.science --json

导出必须指定 .science 输出路径。默认等待时限为一小时；大型传输可用 --timeout-ms 调整，完成后检查返回的文件路径。在 v1.0.5 中，导入本地文件请使用本地 Web 上传或桌面版导入入口；CLI 的 session import 文件路径可能在研究包校验前被拒绝。

在首页案例卡片中选择 Details，阅读对应的官方案例页面；选择 Import 下载研究包。留意准备、下载和校验进度；不需要的传输可用 Cancel 取消。若已下载的包正在等待选择目标，点击 Continue 重新打开导入对话框。

确认目标项目后导入。打开结果，检查输入与产物，再用 桌面版的 Fork to continue 研究自己的问题。下载校验检查的是包的传输，不代表已经验证案例的科学结论，也不会提供其模型凭据。

导入前检查官方案例包和目标项目

最后于 更新