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.science 研究包

.science 研究包 將會話分支、檔案和已記錄的證據放在一起，供同事交接與檢視。接收方可以將其匯入專案，檢查研究記錄。匯入會話仍為只讀。從 v0.31.0 起，可以在桌面應用中使用 Fork 建立可編輯的副本，繼續研究。

選擇要分享的內容​

接收方需要什麼使用哪種匯出
閱讀或編輯對話文字對話 PDF 或 Markdown
使用選定的原始檔案檔案下載或產物 ZIP
一起檢視會話分支、檔案和證據.science 研究包

研究包可能包含上傳的研究材料、對話文字和生成結果。分享前先檢查內容。匯出是獨立副本，刪除本地工作不會移除已經傳送給他人的包。

Side Chat 對話、私人閱讀書籤及備註不會包含在研究包中。同事需要的資訊，應在匯出前寫入儲存的報告或對話。

確認接收方版本​

v0.33.0 匯出的研究包在 ro-crate-metadata.json 中包含 RO-Crate 1.1 後設資料，描述最終匯出快照與選定的不可變檔案，包括檔名、媒體型別及相互關係。再次匯出時，會為新快照重新生成這些引用。

使用 v0.33.0 或後續相容的讀取器 開啟新匯出的研究包：它們宣告瞭必需的 ro-crate 能力。接收方版本較舊時，先更新應用再匯入；改名或刪除後設資料不能解決相容問題。原有舊研究包仍可讀取，無需遷移。

這些後設資料隨 .science 研究包儲存，不會重新執行計算、授予憑證，也不替代針對產物版本的可復現性檢查。

匯出研究包​

  1. 完成或停止會話中的工作，開啟會話選單，選擇 Export → Export Session package。
  2. 檢查匯出範圍，以及省略內容和大小限制。
  3. 確認匯出，將 .science 檔案儲存到目標資料夾。
  4. 等待進度完成，再用 Show in folder 找到檔案。
匯出選項如何選擇
Essential export保留必要記錄和文獻後設資料，不含可選的文獻 PDF
Full export包含可用的文獻 PDF 及預覽中顯示的更多內容
Customize contents逐項選擇文獻 PDF、可選檔案和版本；必需證據仍會包含

文獻後設資料始終保留。如果某份文獻 PDF 是必需證據，Essential export 會不可用，應使用 Full export 或 Customize contents 並保留該檔案。匯出不會替你獲取缺失的全文；確認前檢查列出的 PDF 和大小，Full export 仍受內容及大小限制。

案例演示 交接樣本質控會話

本例在 Open-Science v0.31.1 中，將彙總 GSE60450 樣本質控表的會話匯出，匯入同一臺 Mac 的另一個專案，再使用 Codex subscription 從 Fork 繼續分析。起點是已經生成 gse60450-qc-summary.csv 的會話；單獨的輸入表格不是研究包。

選擇 Essential export，檢查內容和預計大小，再選擇 Export。本例預覽估計為 805.6 KiB。等待 Package operation completed 後再匯入儲存的檔案；你的會話大小可能不同。

實際質控會話的匯出選項與預計大小

匯入到專案​

在專案的 New conversation 空白頁，點選 Import previous research 選擇 .science 檔案，或把檔案拖到該頁面。選擇已有會話中的附件入口不會替代研究包匯入。開啟匯入預覽後，檢查目標專案和內容，再確認匯入；等待完成後開啟只讀記錄。

新會話中的 Import previous research 入口

  1. 開啟目標 Project 選單，選擇 Import Session package…，或將一個 .science 檔案拖入該專案。直接開啟關聯檔案時，需要另選目標專案。
  2. 檢查包預覽、目標位置以及包含或省略的內容，再確認匯入。
  3. 等待完成，選擇 Open imported Session。
  4. 檢視會話分支，並開啟交接所需檔案，確認能找到下一項工作涉及的輸入和結果。

本例選擇目標專案 Public Genomics Examples，匯入預覽顯示 1 個分支、3 條訊息、13 個檔案，並說明不包含賬戶憑據、權限授權和提供方的會話續接身份。確認這些內容後選擇 Import。

匯入目標專案前的質控研究包預覽

開啟匯入的會話及彙總 CSV。Imported research history 提示確認這份記錄為只讀，不能直接執行程式碼或繼續對話。

匯入的質控記錄、繼承的彙總檔案和 Fork to continue 按鈕

使用收到的研究記錄​

  1. 在匯入會話中選擇 Fork to continue，或從會話選單選擇 Fork。等待 Fork completed，進入新會話；程式碼不會自動執行。
  2. 檢查繼承的彙總檔案，選擇可用模型，確認 Python 執行環境就緒。本例使用 Codex subscription / gpt-5.6-sol。原安裝中的憑據與權限不會隨包成為接收端的授權。
  3. 傳送下方提示詞。如果出現 Python 執行審批，先檢查計算內容，再批准繼續。
Use Python in Session Notebook with the standard library only.
Read the inherited gse60450-qc-summary.csv. Do not modify inherited files.
Compute total_raw_counts_sum divided by sample_count using decimal.Decimal
with precision 28. Save research-package-continuation.csv with metric,value
rows in this order: sample_count, total_raw_counts_sum,
mean_raw_counts_per_sample. Save research-package-continuation.md with the
input filename, calculation and result. Do not use the network or delegate.
Keep everything in English and return links to both new files.
  1. 開啟兩個新檔案。本次得到 12 個樣本、原始計數總和 269027617，平均值為 22418968.08333333333333333333。這是輸入質控表的彙總，不是標準化表達量或差異表達結果。

Fork 完成後，Codex 實際建立的新計算檔案

繼承的彙總表 · 新計算結果 · 計算說明

兩個新檔案儲存在 Fork 中，原會話和匯入會話的彙總檔案保持不變。通用操作見複製已有會話繼續研究。匯入的用量不會計入本機活動總量。

隨包收到的驗證記錄描述傳送方提供的檢查，不代表這臺電腦已經重新執行。閱讀它對應的檔案版本、比較條件和結果；檢查方式見可復現性。

調整傳輸速度並檢視後臺進度​

匯出前，選擇 Customize contents → Transfer settings；匯出或匯入執行中，展開 Transfer details。透過 Disk activity limit 選擇 Auto 自動調整，或指定一個固定上限。降低上限會減少磁碟佔用，也會延長傳輸時間；該上限由讀取和寫入共同使用，不是網路上傳速度。

選擇 Run in background 後，研究包操作繼續執行。透過視窗中的後臺進度入口重新開啟詳情，檢視當前檔案、進度和磁碟活動。確認操作完成後再檢查匯出的檔案或開啟匯入會話。

研究包的磁碟活動上限和傳輸設定

匯出提示敏感內容時​

如果匯出停在敏感內容檢查，展開 Sensitive-content evidence，檢查觸發提示的檔案。不應交接的憑據或私密資料應先從來源中移除，再發起新的匯出。

若這些內容確實屬於獲准交接的資料，可在失敗的匯出中勾選 I understand the risk and want to export anyway，再點選 Export anyway。這會原樣包含已標記內容，不做脫敏，不是隱私過濾功能。確認僅適用於這次匯出嘗試，失敗後需重新勾選；分享前仍應檢查生成的研究包。只需排查問題時，使用診斷匯出。

取消與重試傳輸​

Run in background 隱藏進度視窗並繼續傳輸；需要停止時使用 Cancel。關閉進度視窗不等於取消操作。

清理未完成時，先處理 Retry cleanup 再重試。失敗後的 Try again 重試原檔案和目標位置；需要換包時另行選擇。再次匯入前先檢查已有操作，完成後回讀匯入的會話與檔案。

回放收到的研究記錄​

匯入完成後，選擇 View replay 檢視記錄步驟，或用 Discuss 在可寫會話中提問。匯入的源會話仍保持只讀，討論引用不會恢復原執行環境；需要工作副本時使用 Fork to continue。詳見會話回放。

匯入新專案​

舊版本接納研究包到新專案目錄時失敗，可更新至 v0.37.0 或更高版本，先檢查目標專案是否已存在，再使用匯入對話方塊的恢復操作，避免重複匯入。完成後核對會話與檔案。這項修復不會讓匯入會話變成可寫；繼續分析仍需使用 Fork。

從網頁導入研究包​

瀏覽器和已安裝的桌面應用需要位於同一臺電腦。網頁必須提供 Open-Science 研究包傳輸功能；普通下載鏈接本身不具備這個功能。

  1. 在可信的研究包頁面選擇 Open-Science 導入／打開入口，允許瀏覽器打開桌面應用。如果瀏覽器請求本地網絡訪問，只授權給你打算使用的網站。
  2. 應用顯示 Receiving package… 和 Validating package… 時，保持網頁打開。網頁顯示已接收，只表示文件已送達應用。
  3. 在應用中核對研究包，選擇目標項目並確認導入。等待完成後打開導入的會話。
  4. 檢查文件與證據。研究記錄仍爲只讀；需要繼續研究時選擇 Fork to continue。修改標題不會讓導入的研究記錄變爲可寫。

如果網頁傳輸不可用或被阻止，先下載 .science 文件，再使用現有導入入口；也可以把它拖到項目首頁。向 Composer 拖入普通文件夾不會導入研究包。導入報告部分失敗時，先檢查目標項目中是否已存在該會話，再決定是否重試，不要爲重複傳輸另建項目。

網站開發者可參考瀏覽器導入 SDK 指南：需要 HTTPS（或本機迴環開發地址）、同機桌面應用，以及非空且不超過 2 GiB 的研究包。本地接收不替代用戶最後的導入確認。

在 CLI 或本地 Web 界面中使用研究包​

從 v1.0.5 起，經過身份驗證的本地 Web 工作區通過瀏覽器上傳、下載 .science 研究包。遠程 Web 會話不因此獲得這項能力。網站向桌面應用傳包仍是另一條流程。

在本地 Web 中上傳或下載​

  1. 開啟目標本地工作區，等待來源工作階段閒置。在工作階段選單選擇 Export → Export Session package，選擇包內材料，再點擊 Choose save location… 準備研究包。
  2. 等待研究包準備完成，再點擊已完成包文件名旁的 Download，通過瀏覽器保存。後臺準備好研究包不等於瀏覽器已經保存下載；分享前確認實際下載到了 .science 文件。
  3. 導入時，使用項目的研究包導入入口，從電腦中選擇一個 .science 文件。等待上傳與校驗，檢查包內容和目標項目，再確認導入。
  4. 開啟匯入後的工作階段並檢查檔案。研究記錄為唯讀。要繼續研究，請在桌面版開啟同一工作區，再選擇 Fork to continue；Web 不提供 Fork。

研究包準備完成後顯示瀏覽器 Download 按鈕

上傳、下載或導入失敗時，先檢查界面結果與目標項目再重試。收到文件或上傳成功，並不等於導入已經完成。

使用 CLI​

先啓動目標本地配置的服務，並等待源會話空閒。將下面的標識與路徑替換爲實際值：

open-science session export SESSION_ID --project PROJECT_ID --output ./session.science --json

匯出必須指定 .science 輸出路徑。預設等待時限為一小時；大型傳輸可用 --timeout-ms 調整，完成後檢查傳回的檔案路徑。在 v1.0.5 中，匯入本地檔案請使用本地 Web 上傳或桌面版匯入入口；CLI 的 session import 檔案路徑可能在研究包驗證前被拒絕。

在首頁案例卡片中選擇 Details，閱讀對應的官方案例頁面；選擇 Import 下載研究包。留意準備、下載和校驗進度；不需要的傳輸可用 Cancel 取消。若已下載的包正在等待選擇目標，點擊 Continue 重新打開導入對話框。

確認目標項目後導入。打開結果，檢查輸入與產物，再用 桌面版的 Fork to continue 研究自己的問題。下載校驗檢查的是包的傳輸，不代表已經驗證案例的科學結論，也不會提供其模型憑據。

匯入前檢查官方案例包與目標專案

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