功能與支援的輸入
Open-Science 將研究專案的對話、原始檔案、文獻記錄和生成結果放在本地工作區中。配置好的模型負責推進任務，需要計算或訪問服務時，再呼叫 Notebook、工具或連線服務。可以從手頭已有的材料選擇入口。
根據輸入選擇起點
| 已有材料 | 第一步 | 希望得到的結果 | 使用結果前檢查 |
|---|---|---|---|
| 一個研究問題和幾個 DOI | 建立專案，查詢識別符號，稽核文獻庫 Inbox 候選 | 核對過來源的閱讀集合 | 對照出版方檢查標題、完整作者、年份和識別符號 |
| 一批論文或匯出的參考文獻 | 使用文獻庫匯入和集合管理 | 分類後的文獻集合及可獲得的 PDF | 匯入警告、重複記錄和附件匹配 |
| CSV 或 TSV 資料 | 在會話中附加檔案，請求 Notebook 分析 | 資料審計、結果表和圖 | 缺失值、單位、分母和實際儲存檔案 |
| PDF 或稿件 | 附加文件或在 Files 開啟 | 針對具體段落的解釋或修改方案 | 是否讀取全文，以及引用頁是否支援結論 |
| 序列或分子結構 | 開啟支援的 FASTA、PDB 或分子檔案 | 預覽、校驗報告或適用工具的分析 | 輸入規範、方法要求和工具可用性 |
| 經常複用的步驟 | 建立或匯入 Skill | 方法說明和配套檔案 | 是否啟用、依賴是否滿足、已知輸入試跑結果 |
| 明確的研究角色 | 建立 Specialist 並分配能力 | 有明確職責和訪問範圍的角色 | Skills、Connectors 選擇和委派工作結果 |
論文中的圖片和表格可用本地 PDF 提取；複用方法可從 Skill 市場查詢。需要核對捕獲的結果時使用復現檢查，需要交接會話和證據時使用 .science 研究包。
檔案能在預覽器開啟，不代表模型已經讀取。附加檔案後，會話可以使用這一來源；還需要檢查讀取記錄、工具呼叫和輸出證據，確認實際使用情況。副檔名和大小限制見檔案格式與限制。
理解工作區裡的物件
| 物件 | 儲存什麼 | 與其他物件的關係 |
|---|---|---|
| Project | 研究目的、長期 Agent Context、會話和專案檔案 | 將一項研究放在一起 |
| Session | 請求、回覆、工具活動和對話分支 | 屬於一個專案 |
| Upload | 原始材料的託管副本 | 與衍生結果分開保留 |
| Artifact | 生成的報告、圖、表或其他檔案 | 版本關聯其生成時的證據 |
| Literature reference | 書目資訊、識別符號和附件 | 可加入集合並關聯專案 |
| Notebook | Python 或 R 執行及輸出 | 用於檢查計算和實時變數 |
| Skill | 方法指令和配套檔案 | 啟用後可在輸入框選擇 |
| Specialist | 角色、指令和選定能力 | 按角色需要配置和呼叫 |
| Connector | 外部工具或資料服務入口 | 取決於配置、憑據和策略 |
專案 Description 用於識別專案。需要模型遵守的指令應放進 Agent Context，它會進入模型上下文，不應用來存放憑據。
按任務準備依賴
傳送對話需要可工作的代理框架和模型連線。Python 計算還需要啟用 Python Notebook 執行時。查詢服務需要對應 Connector、網路和必要憑據。即使列表裡已經有 GPU 方法的 Skill，也可能需要另一臺機器、軟體環境和模型權重。
模型、執行環境和資料服務分別配置。連線模型後，仍需檢查計算要求的軟體包；缺包時先安裝依賴，或明確選擇能用現有環境完成的方法。
分別參閱模型接入、Python 和 R 執行時、網路設定。模型連線測試成功不能證明所有下游服務均可用。
判斷結果能否使用
開啟儲存的輸出，對照請求檢查。表格要檢查行數、單位和缺失值處理；參考文獻要核實識別符號和完整作者；程式碼生成的結果要檢視 Provenance 和 Notebook。看到環境記錄不完整或證據不可用時，應先確認缺失範圍，再判斷可復現程度。
正式案例使用公開研究材料：
- PRISMA 閱讀集合：三篇真實論文、稽核過的文獻記錄，以及出版方 PDF。
- GSE60450 RNA-seq 分析：27,179 個基因、12 個樣本、獨立核對的質控指標、原始計數圖和產出程式碼。
遠端計算展示了同一 RNA-seq QC 在 Direct SSH 上的執行、結果回收、重啟恢復和取消。Slurm 計算已在伺服器確認完成，但記賬查詢未啟用，應用尚無法回收結果。同一章節還驗證了在獨立 CUDA 環境中用 A100 完成小型 ProteinMPNN 序列設計及輸出核對。
本地儲存與外部處理
應用在本地儲存工作區。向託管模型傳送請求時，相關指令和內容會傳送給模型提供方；Connector 和遠端作業也可能向配置的服務傳輸資料。請根據實際選擇的提供方和工具活動判斷執行位置。本地儲存不等於離線處理。