功能与支持的输入
Open-Science 将研究项目的对话、原始文件、文献记录和生成结果放在本地工作区中。配置好的模型负责推进任务，需要计算或访问服务时，再调用 Notebook、工具或连接服务。可以从手头已有的材料选择入口。
根据输入选择起点
| 已有材料 | 第一步 | 希望得到的结果 | 使用结果前检查 |
|---|---|---|---|
| 一个研究问题和几个 DOI | 创建项目，查询标识符，审核文献库 Inbox 候选 | 核对过来源的阅读集合 | 对照出版方检查标题、完整作者、年份和标识符 |
| 一批论文或导出的参考文献 | 使用文献库导入和集合管理 | 分类后的文献集合及可获得的 PDF | 导入警告、重复记录和附件匹配 |
| CSV 或 TSV 数据 | 在会话中附加文件，请求 Notebook 分析 | 数据审计、结果表和图 | 缺失值、单位、分母和实际保存文件 |
| PDF 或稿件 | 附加文档或在 Files 打开 | 针对具体段落的解释或修改方案 | 是否读取全文，以及引用页是否支持结论 |
| 序列或分子结构 | 打开支持的 FASTA、PDB 或分子文件 | 预览、校验报告或适用工具的分析 | 输入规范、方法要求和工具可用性 |
| 经常复用的步骤 | 创建或导入 Skill | 方法说明和配套文件 | 是否启用、依赖是否满足、已知输入试跑结果 |
| 明确的研究角色 | 创建 Specialist 并分配能力 | 有明确职责和访问范围的角色 | Skills、Connectors 选择和委派工作结果 |
论文中的图片和表格可用本地 PDF 提取；复用方法可从 Skill 市场查找。需要核对捕获的结果时使用复现检查，需要交接会话和证据时使用 .science 研究包。
文件能在预览器打开，不代表模型已经读取。附加文件后，会话可以使用这一来源；还需要检查读取记录、工具调用和输出证据，确认实际使用情况。扩展名和大小限制见文件格式与限制。
理解工作区里的对象
| 对象 | 保存什么 | 与其他对象的关系 |
|---|---|---|
| Project | 研究目的、长期 Agent Context、会话和项目文件 | 将一项研究放在一起 |
| Session | 请求、回复、工具活动和对话分支 | 属于一个项目 |
| Upload | 原始材料的托管副本 | 与衍生结果分开保留 |
| Artifact | 生成的报告、图、表或其他文件 | 版本关联其生成时的证据 |
| Literature reference | 书目信息、标识符和附件 | 可加入集合并关联项目 |
| Notebook | Python 或 R 执行及输出 | 用于检查计算和实时变量 |
| Skill | 方法指令和配套文件 | 启用后可在输入框选择 |
| Specialist | 角色、指令和选定能力 | 按角色需要配置和调用 |
| Connector | 外部工具或数据服务入口 | 取决于配置、凭据和策略 |
项目 Description 用于识别项目。需要模型遵守的指令应放进 Agent Context，它会进入模型上下文，不应用来存放凭据。
按任务准备依赖
发送对话需要可工作的代理框架和模型连接。Python 计算还需要启用 Python Notebook 运行时。查询服务需要对应 Connector、网络和必要凭据。即使列表里已经有 GPU 方法的 Skill，也可能需要另一台机器、软件环境和模型权重。
模型、运行环境和数据服务分别配置。连接模型后，仍需检查计算要求的软件包；缺包时先安装依赖，或明确选择能用现有环境完成的方法。
分别参阅模型接入、Python 和 R 运行时、网络设置。模型连接测试成功不能证明所有下游服务均可用。
判断结果能否使用
打开保存的输出，对照请求检查。表格要检查行数、单位和缺失值处理；参考文献要核实标识符和完整作者；代码生成的结果要查看 Provenance 和 Notebook。看到环境记录不完整或证据不可用时，应先确认缺失范围，再判断可复现程度。
正式案例使用公开研究材料：
- PRISMA 阅读集合：三篇真实论文、审核过的文献记录，以及出版方 PDF。
- GSE60450 RNA-seq 分析：27,179 个基因、12 个样本、独立核对的质控指标、原始计数图和产出代码。
远程计算展示了同一 RNA-seq QC 在 Direct SSH 上的执行、结果回收、重启恢复和取消。Slurm 计算已在服务器确认完成，但记账查询未启用，应用尚无法回收结果。同一章节还验证了在独立 CUDA 环境中用 A100 完成小型 ProteinMPNN 序列设计及输出核对。
本地保存与外部处理
应用在本地保存工作区。向托管模型发送请求时，相关指令和内容会发送给模型提供方；Connector 和远程作业也可能向配置的服务传输数据。请根据实际选择的提供方和工具活动判断执行位置。本地保存不等于离线处理。