導航與搜尋
先在 Home 選擇研究專案，再在會話列表選擇對話，最後透過預覽檢查輸入和結果。本章使用真實的 GSE60450 - RNA-seq count quality 專案。
從 Home 進入
更改應用語言或主題，請開啟 Settings → General → Appearance。設定中心 按用途分組，也提供獨立搜尋。
| 入口 | 操作 | 開啟後檢查 |
|---|---|---|
| 專案卡片 | 進入專案工作區 | 會話列表上方的專案名稱 |
| Recent sessions | 直接恢復該會話 | 標題及所屬專案；同名會話可能屬於不同專案 |
| New project | 填寫名稱、說明和 Agent Context | 欄位與目錄權限見專案 |
| Search | 開啟全域搜尋 | 查詢專案、訊息、檔案和文獻；Wiki 搜尋是另一個入口 |
| Library | 開啟共享文獻庫 | 專案和集合檢視引用同一份條目 |
| Model settings | 配置模型 | 賬號已連線與研究任務成功是兩種狀態 |
| Settings → General → Appearance | 更改 Language / Theme | 切換語言不會翻譯歷史任務內容 |
| Messages | 檢視應用訊息 | 未讀數量不等於任務失敗數量 |
工作區的 All projects 返回 Home。專案名選單操作專案，會話旁選單操作對應會話。Sessions 下的 New 在當前專案中新建對話，不會新建專案或複製源目錄。
同時檢視對話和證據
工作區包含會話側欄、對話區和可選預覽區。Files 開啟檔案庫，Library 開啟文獻，Open notebook 開啟執行記錄。點選預覽標籤切換檔案；開啟另一份結果可以增加標籤，原有標籤仍保留。
拖動 Resize left panel / Resize right panel 調整寬度。閱讀寬表時可收起側欄或預覽面板，再用邊緣控制元件展開。這些佈局操作不會取消任務、刪除檔案或清除版本。檔案庫全屏與單檔案全屏是不同控制元件，關閉相應檢視才能回到原佈局。
選擇正確的搜尋範圍
| 搜尋入口 | 搜尋範圍 | 適合的例子 |
|---|---|---|
| 應用全域搜尋 | 專案、會話、訊息正文、上傳/生成檔名和文獻庫條目/集合；支援的上傳檔案中已建立索引的內容 | 回覆中的短語、檔名或論文標題 |
| Files → Search project files | 所選專案及來源篩選範圍內的檔名 | 選擇 All artifacts 後搜尋 rnaseq |
| Library → Search references | 標題、作者、識別符號等文獻欄位 | PRISMA 論文的 DOI |
| PDF 文件搜尋 | 當前 PDF 中可搜尋的文字 | 論文中的短語 |
| 本文件的 Search | Wiki 標題、小節和正文 | Inbox、SHA-256 或 remote access |
全域搜尋可以查詢訊息正文、上傳檔名及其已建立索引的內容。生成檔案按名稱搜尋；未建立索引的內容不會被搜尋到，也不表示所有 PDF、圖片及其他二進位制格式都已建立全文索引。在 PDF 內查詢文字時，使用文件自身的搜尋。
查詢訊息、檔案或文獻
- 在 macOS 按 ⌘K，Windows/Linux 按 Ctrl+K，或選擇 Search。
- 輸入可識別的短語、標題或檔名。All 按類別分組顯示結果；選擇某一類別可縮小範圍。
- 點選類別旁的 Advanced filters，使用 Search scope、Result order、Time range，以及對應結果型別的傳送者、檔案格式或文獻型別篩選。篩選項只作用於相應結果型別。
- 選擇結果開啟詳情面板，先核對所屬專案/會話、匹配文字或檔案版本。
- 從詳情開啟對應訊息或檔案。需要檢視檔案的產生或上傳背景時，使用來源訊息入口。文獻結果會開啟對應條目或集合。
- 需要時在該類別內繼續載入結果。關閉詳情面板可以繼續搜尋，按 Esc 退出搜尋。
選擇另一條結果時，詳情面板隨之更新。初始短列表不代表全部匹配項；使用分組的載入更多入口，或在所選類別內繼續滾動。未輸入查詢時，可以從最近會話、檔案和文獻返回近期工作。
Advanced filters 旁的數字表示已啟用的篩選條件。收起篩選欄後，這些條件仍然作用於結果。重新開啟搜尋時，類別返回 All，篩選欄收起；先檢視條件數量和控制元件狀態，不要直接假定正在搜尋全部內容。
找不到結果時
先清除類別及其他篩選，檢查所屬專案，再搜尋有辨識度的短語或已儲存的檔名。歸檔內容可從 Archived 查詢。失敗的工具響應裡列印的路徑不等於已儲存產物；新修改或重新排序的內容可能需要重新整理搜尋。檔案能開啟但無法預覽時，按檔案和故障排查處理。