文獻庫與引用
線上找文獻時，在對話中說明主題、年份範圍和篩選條件，再到 Library → Inbox 審閱候選記錄。實作見組會主題檢索工作流程。Search references 用於篩選 Library 中已有的記錄，不會執行線上文獻檢索。
文獻庫是共享的本地書目。專案和集合引用其中的條目，把同一論文加入另一個集合無需複製。本章使用核心閱讀清單中的三篇真實 PRISMA 論文；工作流負責研究目標和驗收，本頁說明頁面控制元件及條目生命週期。
需要複用附件 PDF 中的圖片或表格時，按 PDF 圖表提取操作。匯入後設資料或自動獲取全文字身不會完成圖表提取。
選擇正確檢視
從 Home 或工作區進入 Library，Back to Home 返回專案。文獻庫內 Settings 開啟引文樣式，不是全域模型設定。
| 檢視 | 內容 | 用途 |
|---|---|---|
| Inbox | Agent 發現、等待稽核的候選 | 接受前核對身份和來源 |
| All references | 已接受的活躍條目 | 搜尋、編輯、整理 |
| Duplicates | 識別符號/後設資料疑似重複組 | 比較後再決定合併 |
| Trash | 已移除條目 | 恢復或明確永久刪除 |
| Project | 與專案關聯的文獻 | 保持研究問題相關範圍 |
| Collection | 主題分組，可巢狀 | 跨專案複用閱讀集合 |
新增或匯入條目
點選 Add 選擇來源。選擇一份 PDF 進入後設資料編輯器，選擇多份則開啟 Import PDFs。
| 入口 | 輸入 | 儲存前檢查 |
|---|---|---|
| Add reference | 手填書目 | 必填標題、文獻型別和識別符號 |
| Import PDF | 一份或多份本地 PDF | 對照每篇論文檢查提取的後設資料；多檔案走下面的批次流程 |
| Import references | BibTeX、RIS、NBIB | 有效/無效記錄、目標和識別符號匹配 |
匯入一批選定的 PDF
匯入一批選定的 PDF
- 選擇本次閱讀集合需要的 PDF，等待後設資料提取。應用可透過識別出的 DOI 補全書目欄位，仍需與論文核對。
- 確認 Import to 顯示的是預期目標；目標來自啟動匯入時所在的文獻庫檢視，在 When identifiers match 選擇下表中的處理方式。
- 使用單項核取方塊或 Select all 選擇本批檔案；Show more 顯示更多已列出的檔案。
- 點選 Import selected，檢查總進度與每個檔案的狀態；失敗檔案不算匯入完成。
- 需要停止時點選 Stop，等待 Stopping… 結束。已經提交的條目保留，正在提交的操作可能先完成。
- 停止後，選擇仍為 Ready 的檔案，點選 Import selected 繼續。如果失敗後顯示 Retry unfinished，用它重試未完成項。尤其在 PDF 上傳中斷後，先檢查保留下來的條目，再決定是否重新發起匯入。
- 對話方塊提供 Done / Close 後退出，開啟目標位置核對條目和 PDF。匯入前的 Cancel 放棄準備。
| 識別符號匹配策略 | 結果 |
|---|---|
| Reuse existing reference | 複用匹配記錄，不重複建立書目 |
| Keep as separate reference | 保留獨立記錄，之後再比較和去重 |
| Fill empty fields | 補空欄位，保留已有及衝突值 |
批次狀態包括 Pending、Reading…、Ready、Importing…、Completed、Failed、Skipped。選中檔案、後設資料準備就緒和匯入完成是不同階段。若顯示 PDF upload cancelled. The reference was kept.，檢查保留條目的附件；取消上傳沒有刪除書目條目。
選擇 Reuse existing reference 時，如果 PDF 提取的標題或 DOI 未匹配，仍可能建立獨立條目。匯入後逐篇開啟，核對標題和 DOI；修正身份後再合併重複條目。Completed 表示匯入完成，不代表識別準確。
停止批次匯入並保留已完成項
停止批次匯入並保留已完成項
Stop 允許當前條目先完成。逐行檢查狀態：Completed 條目保留且不能再次勾選；選擇剩餘 Ready 行，再用 Import selected 繼續。失敗後若出現 Retry unfinished，先處理所報原因，再重試並檢查已完成記錄沒有重複匯入。
出現 The reference was kept. Retry to finish adding its PDF. 時，文獻條目已儲存，附件尚未完成。確認原 PDF 仍在選取的位置、可以開啟，再點選 Retry unfinished。重試會繼續處理未完成行；完成後回到原集合，開啟 PDF 檢查內容。若提示結果無法確認，先檢查文獻庫，再決定是否重新匯入。
從其他文獻管理器遷入書目
從其他文獻管理器遷入書目
案例演示 用三種匹配策略匯入 PRISMA 書目
先開啟目標集合，再選擇 Import references 和 .bib、.ris 或 .nbib 檔案。預覽顯示識別格式、目標位置、新增／已有／跳過數量和匹配條目。展開 View details，核對題名與作者後再匯入。書目匯入不會下載 PDF。
| 策略 | PRISMA 宣告的實測結果 |
|---|---|
| Keep as separate reference | BibTeX 新建一條記錄，Duplicates 隨後出現一個 DOI 匹配組 |
| Reuse existing reference | RIS 複用一條記錄，新增、跳過、失敗均為零 |
| Fill empty fields | PubMed NBIB 記錄補入 PMID 19621072 和 PMCID PMC2707599，原題名與五個作者條目保留 |
點選 Import references，等待 Import complete，核對 Created／Reused／Skipped／Failed 後選擇 Done。重新開啟條目檢查欄位，匯入數量不能證明後設資料準確。補空欄位可以增加識別符號和期刊縮寫，同時保留完整期刊名。
稽核 Inbox 來源
案例演示 稽核三篇 PRISMA 候選
開啟候選標題或 View details，檢查 Provider、源連結、DOI 等識別符號，與出版社核對年份、作者順序、期刊。Accept 加入文獻庫，Dismiss 移出待審佇列。批次操作前確認勾選範圍。
本例的三篇候選已逐條接受，Inbox 清空。Provider 匹配只是初始記錄，不代表書目完整無誤。標題中的 2020 對應宣告論文的發表年份是 2021；兩篇 2009 論文的 DOI 和作者列表不同。
檢查和修正後設資料
條目 More actions → Edit metadata 開啟當前欄位。Complete metadata 會查詢來源，與純本地編輯不同。
| 欄位/控制元件 | 輸入與作用 |
|---|---|
| Reference type | 論文、綜述、預印本、書籍、資料集等支援的型別 |
| Title | 必填，保留髮表標題 |
| Year / Publication | 發表年份與期刊/載體，不一定等於標題中的年份 |
| Advanced settings | Volume、Issue、Pages、Publisher、Place、Edition |
| Add creator / Remove creator | 新增或移除草稿中的作者行 |
| Creator role | 按來源選擇 Author、Editor 或 Translator |
| Name type → Person | 填寫 Given name 和 Family name |
| Name type → Organization | 填寫機構完整名稱，不拆成虛構人名 |
| Add identifier | DOI、PMID、PMCID、ARXIV、ISBN、ISSN、OTHER 型別和值 |
| Preferred for DOI / ISSN 等 | 選擇該型別的首選識別符號；不是所有型別共用一個單選項 |
| Remove identifier | 移除草稿識別符號行 |
| URL / Abstract | 來源地址與摘要 |
| Save | 儲存有效更改 |
| Cancel / Close | 放棄草稿 |
案例演示 將 The PRISMA Group 保留為機構作者
補充 The PRISMA Group 時，選擇 Add creator → Creator role: Author → Name type: Organization，填寫完整名稱並 Save。重新開啟條目，確認機構位於四位個人作者之後，再將生成引用與出版方作者列表比較。
整理已接受記錄
使用 New collection，填寫必填 Name 與可選 Description，點選 Create collection。說明用於整理，不是 Agent Context；Cancel/Close 放棄草稿。在 All references 勾選條目，使用 Add to collection / Add to project。完成後勾選清空，增加另一個目標時重新選擇。
詳情中的專案/集合核取方塊顯示關聯。Manage Tags 分配標籤，表格一至五星是人工標記，不是自動證據質量評估。Clear selection 清除選擇而不改變條目。
| 表格控制元件 | 範圍 |
|---|---|
| Search references | 標題、作者、期刊、識別符號、摘要、筆記等書目欄位 |
| Sort references | 更改顯示順序 |
| Filters | 按型別、年份、標籤、全文狀態等篩選 |
| Customize | 選擇/重排顯示列 |
| References per page | 25、50、100 行 |
| 行復選框 / Select all | 設定批次操作目標 |
| Export | 匯出所選書目，不自動打包全部 PDF |
文獻庫總數與當前搜尋、篩選結果數分別統計。批次操作前核對當前檢視和選擇數量，篩選結果變少不代表條目被刪除。
判斷條目丟失前清除搜尋和篩選。關聯專案/集合不會為各目標建立獨立後設資料副本。
新增並閱讀全文
Find full-text PDF 檢查適用的 Europe PMC/PMC、OpenAlex、Unpaywall、arXiv；識別符號和聯絡方式/憑據決定適用來源。點選 Add attachment 前核對來源、版本標記和 URL。
案例演示 為 PRISMA 2020 條目補充出版社 PDF
找到來源後，如果 Add attachment 失敗，從出版社下載公開 PDF，再透過同一條目的 Add PDF 上傳。開啟附件，對照出版記錄檢查標題及 DOI。本例的 Preview prisma-2020-statement.pdf 顯示了對應的 PRISMA 2020 論文：806.1 KB、15 頁。
找到來源不等於附件已儲存，附件存在不等於 Agent 已閱讀全文。Read with agent 為後續請求提供上下文。Composer 的 @ 可選精確條目、專案 Library 或 Collection；集合提供檢索範圍，不會自動裝入全部全文。PDF 控制元件見預覽。
找不到公開副本時保留已核對後設資料，適當使用合法獲取的本地 PDF。後臺查詢/下載任務可提供當前條目後暫停、恢復、稽核、取消；取消不撤銷已完成的前麵條目。
分批補全文，暫停後繼續
分批補全文，暫停後繼續
- 在文獻列表選擇目標條目，開啟所選項的 More actions → Find full-text PDF。
- 等待檢索開始。需要暫停時點選 Pause；當前條目處理完後才進入暫停狀態。
- 核對 Checked 和 Pending 數量，再選擇 Continue search。關閉面板後，可從 Background tasks → Open 返回同一任務。
- 檢索結束後檢查每條候選來源與警告，選擇需要的專案，再點選 Add selected。
- 下載階段也可暫停，之後用 Continue download 繼續。檢查最終 Added / Failed / Skipped 狀態，並重新開啟成功附件。
- 不再需要待稽核任務時，在 Background tasks 使用 Remove task。移除後檢查該任務已消失，並確認文獻與附件仍可開啟；移除任務不等於刪除文獻或附件。
暫停的檢索會保留已檢查與待處理條目。繼續或重新開啟任務後，檢查最終數量和每條結果。找到候選來源與成功附加 PDF 是兩個不同結果。
有來源但無法新增 PDF
有來源但無法新增 PDF
若出現 PDF could not be added，檢查來源是否要求登入、連結是否有效、檔案是否超過提示的大小限制，以及當前代理/DNS。不要反覆建立同一文獻。
如果 PDF 來源被解析為 198.18.x.x 等保留地址，下載模組會拒絕它。按網路恢復可驗證的公網解析後重試，不要關閉地址檢查。若已有合法下載的 PDF，可用 Add PDF，然後核對標題、DOI 和頁數。
格式化與複製引文
進入 More actions → Citation，選擇 Citation style，檢查完整條目及文內形式，再用 Copy reference / Copy in-text citation / Copy BibTeX / Copy RIS。使用前對照原來源核對作者、年份、標點和 DOI，格式轉換不會修復缺失欄位。
Manage citation styles… 開啟樣式管理，內建 APA、MLA、Chicago author-date、Vancouver、IEEE、Nature、AMA、Harvard。Preview 顯示格式樣例，Browse styles 開啟外部目錄，Import CSL 匯入本地樣式。下文已驗證 PLOS CSL 的匯入和使用。複製與檔案匯出是不同操作，遷移書目時應分別檢查。
匯入期刊樣式後核對真實引文
匯入期刊樣式後核對真實引文
案例演示 為 PRISMA 條目應用 PLOS 引文樣式
在 Library → Settings → Import CSL 選擇從 CSL 樣式倉庫下載的獨立 plos.csl。本例中，Imported styles 由 0 變為 1，並顯示 Public Library of Science。返回真實 PRISMA 條目的 Citation，在 Citation style 中選擇該樣式，核對生成的編號引文與 [1] 文內引用。樣式預覽中的示例文章不屬於你的文獻庫，正式引用應以實際條目為準。
複製引文或匯出可複用記錄
複製引文或匯出可複用記錄
案例演示 複製並往返匯出 PRISMA 引文記錄
Citation 的四個複製按鈕寫入不同格式。貼上到目標編輯器，檢查結果後再離開面板。
| 按鈕 | PRISMA 2009 的核對結果 |
|---|---|
| Copy reference | APA 引文保留四位個人作者、The PRISMA Group、年份和 DOI |
| Copy in-text citation | (Moher et al., 2009) |
| Copy BibTeX | @article 記錄，機構作者使用額外花括號包圍 |
| Copy RIS | TY - JOUR 記錄，含作者、題名、年份和 DOI 欄位 |
需要檔案時，關閉 Citation，勾選表格行，選擇 Export → BibTeX 或 RIS。在系統儲存視窗選擇位置，等待 Saved。匯出的是書目記錄，不包含 PDF 附件包。將儲存的檔案重新匯入測試集合，選擇 Reuse existing reference 並核對匹配數量。兩份 PRISMA 匯出檔案均複用了已有 DOI，沒有新增記錄。
這裡的 BibTeX 儲存年份和月份，往返後為 2009-7；RIS 保留 2009-07-21，合併時應核對日期精度。普通 RIS 作者欄位在其他管理器中不一定保留獨立的機構型別；如需保持該區別，應檢查匯入後的作者編輯器。
去重與恢復條目
案例演示 合併並恢復 PRISMA 條目及其附件
保留一條記錄及其附件
保留一條記錄及其附件
- 開啟 Duplicates → Review duplicates。檢查範圍是整個文獻庫的活躍記錄，不限當前集合。
- 在 Keep reference 選擇身份已核對的記錄，比較 DOI、作者、附件數量和新增時間。Show all fields 展示衝突檢視中隱藏的其他欄位。
- 逐項選擇衝突欄位來源。例如 PRISMA 的 BibTeX 往返中，保留完整日期
2009-07-21，而不是2009-7。空欄位可從另一條記錄補入。 - 核對 After merging 的附件、集合和專案數量，再點選 Merge references；Cancel 保持記錄分開。
- 重新開啟保留條目，檢查後設資料、關聯和 PDF 正文。被合併的條目在 Trash 中標為 Merged duplicate。
標題被提取為 pmed.1000097 1..6 的 PDF 最初沒有進入重複組。核對論文後，修正標題並補入 DOI 10.1371/journal.pmed.1000097，才出現匹配組。本例合併到已核對的書目條目後，保留了 1 份 PDF、2 個集合關聯和 1 個專案關聯；六頁 PDF 可重新開啟。先確認論文身份，不能只憑檔名相似就合併。
恢復誤移入回收站的文獻
恢復誤移入回收站的文獻
行選單 More actions → Move to Trash 會從活躍文獻、專案和集合檢視移除該條目。在 Trash 搜尋標題或識別符號，開啟行選單並選擇 Restore。應先恢復再編輯、預覽或匯出：這些控制元件在 Trash 中被禁用。返回原專案與集合檢查關聯。本例的 PRISMA 條目恢復後，PDF 和三個關聯均保留。
永久刪除不需要的重複條目
永久刪除不需要的重複條目
在 Trash 選擇 More actions → Delete permanently，閱讀確認範圍；Cancel 保留條目。確認後刪除選中文獻及後設資料，不再共享的附件檔案隨後清理。歷史輸出保留，搜尋索引另行過期，因此它不是安全擦除。刪除前匯出仍需保留的內容。
刪除後檢查所選記錄已從 Trash 消失，保留的文獻及附件仍可開啟。解除集合關聯、移入回收站和永久刪除分別作用於不同範圍。
附件更改與併發編輯
移除附件前，閱讀刪除確認並核對目標檔案和版本；透過可用的版本歷史檢視舊附件版本。刪除 PDF、把文獻移入 Trash、永久刪除文獻的範圍不同，歷史對話中保留的證據還可能限制檔案清理。
另一客戶端在編輯期間修改了集合時，過期儲存可能被拒絕。重新開啟最新集合，比較已儲存值與本次修改，再重試。儲存後的重新整理或清理報錯不一定表示儲存失敗，應先檢查實際條目再重複操作。