会话与分支
项目组织相关输入和研究工作，会话是项目中的一段对话。独立问题使用新会话，需要继承指定历史时使用分支。无论哪种方式，都要检查新对话实际能够访问哪些文件和执行记录。
新建、命名与返回
打开项目，在 Sessions 下选择 New，输入并发送请求。先核对项目名，新会话属于该项目。点击会话行可返回，阅读状态后再判断是否完成。
示例 为 RNA-seq 质控会话命名
GSE60450 实际运行完成后，通过 Edit… 保存了以下内容：
| 字段 | 示例值 | 限制 |
|---|---|---|
| Title | RNA-seq count matrix - validation and sample QC | 最多 80 字符，显示计数 |
| Description | Validate the public GSE60450 matrix and retain descriptive QC outputs with source integrity checks. | 最多 1,000 字符 |
| Save | 保存更改 | 关闭后核对侧栏标题 |
| Cancel / Close | 不应用草稿 | 不取消科研任务 |
会话行菜单 Pin 将会话放入 Pinned，Unpin 返回普通列表。固定仅便于访问，不维持内核运行，也不防止删除。
将鼠标移到会话上，可以同时查看编号、标题及所属项目。编号有助于区分同名对话，编辑或删除前仍需确认选中的行。
保存阅读书签
使用私人阅读书签 为段落或 PDF 区域添加备注，再从该会话的 Bookmarks 返回原处。保存书签不会把段落发送给 Agent。
区分会话菜单操作
会话顶部的常用操作
点击当前会话标题旁的 Session actions 菜单，可以使用 Edit…、Pin / Unpin、New side chat、Fork、Export 和 Archive。先确认顶部显示的会话名称与编号，再选择操作。
Export 子菜单分别提供对话、.science 研究包和诊断导出。对话适合阅读，研究包用于交接保存的研究记录，诊断用于排查问题；三者不能互相替代。敏感诊断材料需要单独确认，导出后仍保存在本机，分享前检查内容。
菜单会按当前状态禁用不适用的操作。只读导入会话需要 Fork 才能继续执行；New side chat 的范围见 Side Chat。侧栏会话行菜单还提供 View replay、View notebook 和文件下载等入口，下面的截图展示的是侧栏菜单。
| 操作 | 结果 | 检查 |
|---|---|---|
| Edit… | 修改标题/说明 | 选中正确会话并保存 |
| Download all artifacts | 打开产物选择/下载流程 | 范围是该会话及所选文件 |
| View notebook | 打开执行视图 | 执行归属、语言和实际记录 |
| Export conversation… | 按界面选项导出对话 | 不等于产物或 Notebook 打包 |
| Archive | 从活跃导航中隐藏 | 可在 Settings → Archived 恢复 |
| Delete | 打开永久删除确认 | 阅读影响范围；Cancel 保留数据 |
从完成结果创建分支
案例演示 从已完成的质控会话创建样本注释分支
如果要讨论后续样本注释，同时保留原始计数质控对话：
- 打开原会话已完成的回答。
- 点击回答下的 Branch in new session。
- 确认出现新会话行，初始名称可能与原会话相同。
- 通过 Edit… 改名为
GSE60450 - follow-up interpretation。 - 检查继承历史，后续请求需要原结果时明确引用项目文件。
分支保留所选对话历史，但不会重建原来的实时内核。复制活动标为 code shown 或旧链接不可用时，从项目 Files 打开原产物，并检查其产出会话。
分支入口取决于消息和框架状态。Side Chat 是独立功能。新旁聊继承当前会话的模型与推理强度，也可以为旁聊的下一次发送另选模型。
修改历史消息
历史用户消息的 Edit message 创建修订，不会抹去全部历史。提交前检查文字与附件；有 Previous/Next message revision 时可切换版本。后续上下文取决于所选路径，旧回答不能当作新修订问题的答案。
案例演示 修改质控指标定义的请求
本例在已完成的质控指标提问上点击 Edit message，把“一句话列出指标”改为“四条定义”，点击 Send。回答生成期间修订切换按钮不可用；完成后，用 Previous message revision 回到 1/2 检查原问题和原回答，再用 Next message revision 返回新回答。再次修正字段名称后显示 3/3。在此次 Codex 订阅会话中，之前保存的两个研究报告仍保留，下载内容没有变化。
在 OpenCode 中，修改请求后可用 Previous 查看原回答、Next 查看修改后的回答。切换回答版本不会撤销已经完成的工具操作或外部变化。
Cancel 退出编辑而不提交；Send 请求新回答，继续前应检查结果。修正下一步用追问，需要独立命名的研究则创建分支。
研究包
需要一起交接会话分支、文件和证据时，使用 .science 研究包。独立教程介绍导出范围、导入与回读、只读会话和传输恢复。
导出对话与研究文件
分享研究讨论时，在会话行菜单选择 Export → Export conversation…。建议先用 Edit… 给会话起一个简洁的标题：PDF 使用会话标题，过长的自动标题会占据大量首页空间。
| 控件 | 操作与结果 |
|---|---|
| Format → PDF / Markdown | PDF 适合阅读和打印；Markdown 适合继续编辑 |
| Entire conversation | 导出当前分支的全部对话 |
| Selected | 显示轮次复选框；从零开始勾选，计数随选择变化 |
| Select all | 选择全部列出的轮次 |
| Export PDF / Export Markdown | 打开系统保存窗口；未选任何轮次时不可用 |
| Cancel | 关闭导出窗口，不创建文件 |
案例演示 只导出 GSE60450 的最后一轮质控指标问答
在 GSE60450 — Methods and claim audit 中，选择最后一轮四项质控指标定义，导出的单页 PDF 只包含该请求与对应回答，更早的讨论没有出现。整段对话 PDF 也已重新打开核对。此前选段 Markdown 已确认从所选追问开始。一轮可以含多条助手消息，选中一轮不一定只导出两条消息。
对话导出不替代研究文件下载。结果链接可能指向应用内部记录，接收方不一定能打开；需要 CSV、图或报告原文件时，应另行下载并一起提供。
下载会话产物
在会话菜单选择 Download all artifacts，勾选所需文件，点击 Download N artifacts，然后选择保存文件夹。此入口保存独立文件。下载后逐个打开，确认名称、内容及数量与所选产物一致。
下载项目文件包
点击左上角项目名称 → Download artifacts…。列表按 Generated 和 Uploads 分组；默认全选，用 Uncheck all 后只勾选需要交付的文件，再保存 ZIP。
在系统保存窗口点击 Cancel 可取消本次保存，返回后文件选择仍保留。写入开始后，应用会禁用取消和关闭操作；等待结果，不要把关闭保存窗口与中途停止写盘混为一谈。
如果提示只下载了部分文件，先恢复不可读取的源文件，再重新选择完整的交付范围并下载。再次保存到同名 ZIP 时会替换原文件包；只选择失败文件会得到仅包含这些文件的新包，不会自动补入之前的 ZIP。
打开下载的 ZIP，将 generated/ 和 uploads/ 的文件数量、名称及内容与选择清单比较，确认完整后再分享。该文件包不等于整个项目、会话历史、Notebook 内核或运行环境备份。
归档并恢复完成的分支
在目标分支选择 Archive，然后打开 Settings → Archived → Sessions。核对项目和归档时间后点击 Restore，确认分支回到活跃导航且内容可打开；原会话是独立记录。
归档项目通过 Manage 查看内部会话。归档、恢复、删除和数据迁移的区别见存储。会话从活跃列表消失不代表已释放磁盘空间。
复制已有会话继续研究
需要本地会话或导入会话的独立工作副本时，使用 Fork。Branch in new session 从选定消息建立分支；Fork 则复制整个会话已保存的研究记录，包括分支、Notebook 记录、文件版本、文献、批注和私人书签。原会话保持不变。复制记录不会重新执行代码，也不代表当前电脑的运行环境已经准备好。
- 在桌面应用中完成或停止当前任务，并等待正在进行的研究包传输结束。
- 打开会话列表中该会话的菜单，选择 Fork。应用会显示传输进度；Run in background 只隐藏窗口，不会取消任务。
- 等待 Fork completed，打开新会话。点击标题，核对 Source session 和新的会话编号。
- 打开一个继承的文件，检查内容。继续前核对当前模型和运行环境；旧电脑的路径或权限可能需要重新处理。
- 在副本中发送后续任务，检查新输出。保留原会话作为对照记录。
Fork 目前在桌面端提供。导入会话仍为只读，应在其副本中继续工作。项目设置和记忆不会变成另一个独立复制的项目。旧的审阅或验证记录只描述原记录版本；使用前检查是否已经过期。
在 QC 副本中继续计算
案例演示 v0.31.1 本地会话 Fork
在 GSE60450 项目中，将已有 QC 会话 Fork 后，打开继承的 gse60450-qc-summary.csv，确认样本数为 12、原始计数合计为 269,027,617。在副本中让 Agent 用 Python 读取该文件，核对两项数值，计算每个样本的平均计数，并另存为 fork-qc-check.csv。结果为 22,418,968.083333…；源文件与副本中继承文件的内容相同，新计算另存为独立文件。这个平均数仅演示如何继续计算，不是表达量归一化。
下载示例计算结果。收到 .science 包后继续研究的方法见研究包。
查看会话信息卡
点击会话标题，查看编号、描述、来源、创建与更新时间、当前分支消息数及文件数。使用 Pin 固定会话，或通过 Edit session 修改标题和描述。Continued from chat 分隔条可返回记录的来源消息。
导出会话诊断
使用会话顶部的 Session actions → Export → Export diagnostics…，或侧栏会话行的对应 Export 子菜单，将所选诊断来源收集到本地归档。应用日志可能包含所选会话之外的元数据，分享前检查来源列表、完成提示和归档内容，见诊断导出步骤。
回放或讨论已有研究
在会话行菜单选择 View replay，逐步查看已有对话、Notebook 活动和保存的文件版本。Discuss 在另一会话中引用这项研究。导入会话的只读提示旁也有这两个入口。播放、来源检查和讨论案例见会话回放。
切换代理或重连后继续
发送下一条消息前，检查当前 Agent／Specialist 和模型。v1.0.0 按已选代理恢复 ACP 会话，并修复切换 Specialist 后 Codex 会话脱离导致的继续问题。重连后打开原会话，核对最后保存的消息和运行状态；响应中断时先确认原写入是否完成，不要直接重复提交。切换代理或恢复连接不表示之前失败的分析已经成功。
识别正在等待你的会话
等待回答或批准的会话，会在首页、侧栏和会话内显示等待状态。打开待处理卡片，阅读需要你决定的事项，提交后再继续。重新加载应用本身不会回答问题或批准工具。在工作区侧栏双击会话可打开其编辑器。
导出诊断资料时，阅读完成摘要：部分导出会显示警告，不代表完整诊断包。保留具体错误说明，分享前检查已导出的文件。
展开收起的会话内容
v1.0.4 会在一轮结束后收起中间消息，将工具活动归为摘要组。展开分组即可查看详情；运行中、等待中和被中断的工作仍保持可见。会话搜索、批注与原生查找会展开匹配的隐藏内容。折叠只改变展示方式，不改变已保存的研究记录，也不代表任务已完成。