打开与预览文件

打开保存结果，检查所选版本。本页说明通用查看控件与普通文档格式。数据解释见表格，序列与结构专用控件见科学查看器。

打开、放大和返回

点击生成文件卡片打开预览。Open … in split view beside the session 将文件放在对话旁。切换标签查看其他文件，Open full screen preview of … 放大单个文件，Close preview of … 关闭相应视图。Collapse preview panel 隐藏面板，不删除文件。文件预览全屏与 Files 文件库全屏是不同视图。

标题栏控件	含义
文件名与版本	下载或引用前确认目标
Download	保存该结果的副本
File actions → Provenance	查看托管产物版本的证据
View in context	返回产出会话
Previous / Next file version	切换已有不可变版本
Edit / Compare	仅适用于支持的托管内容，见文件
Close	关闭视图，不是删除

以上关闭行为适用于文件预览。Side Chat 标签会另行要求确认：关闭后停止该旁聊并移除对话。完整重启应用也会清除其余旁聊；已经送达 Main 的消息仍会保留。

想为自己保存阅读位置时，选中文字或 PDF 区域后选择 For me，参阅阅读书签。

按格式阅读文件

阅读结果表

案例演示 阅读 RNA-seq 质控表、图表与报告

打开 rnaseq-sample-qc.csv，本例显示 12 rows · 6 columns，首行作为表头。横向滚动可查看较长的原始列名及右侧指标。行号是显示位置，不是基因或样本编号。

检查列名与完整标识是否可读。字段解释与公共基准核对见表格与数据集。

原 .txt 是制表符分隔矩阵，可能以文本而非 CSV 网格显示。改扩展名不会自动改变分隔符或数据含义。大文件预览可能受限，应阅读显示的行列限制，不能把可见部分当作全部数据。格式限制见参考。

检查图表

打开 rnaseq-library-sizes.png，使用 Zoom in / Zoom out / Reset zoom。标签太小时打开全屏。缩放只改变显示，不重新取样，也不更新统计结果。

核对原始计数坐标轴、十二个样本标签以及 CSV/报告中的名称对应。柱高不同不能单独证明差异表达。本例只做分析前的描述性检查，没有归一化或假设检验。

结合方法与溯源阅读

Markdown 渲染标题、列表、代码和链接。接受图表前检查校验和及方法。链接通过相应来源预览或外部浏览器打开，先核对完整域名。加载失败不等于已阅读来源。

通过 Provenance 检查所选产物的代码、执行日志、消息、环境及审查。出现 partial / bounded / No review for this version 时，按 Notebook 与执行证据理解其范围。

阅读 Office 文件与多页图像

案例演示 查看质控结果的 Office 与 TIFF 阅读副本

Word 报告、Excel 工作簿、PowerPoint 幻灯片和双页 TIFF整理了同一份 GSE60450 QC 结果，属于阅读副本，不是新的分析。

格式	操作与检查重点
DOCX	打开报告，使用 Previous / Next 查看两页，或从 Outline 跳到标题。使用 ⌘F（macOS）或 Ctrl+F（Windows/Linux）查找 raw-count，核对匹配位置和方法说明。可全屏阅读；此处没有 Word 编辑工具栏
XLSX	打开工作簿，在底部选择 Summary 或 Samples。横向滚动查看最后一列。Samples 有 12 行样本，加上表头、间隔和来源说明共 17 个已用行；预览显示 17 行不表示有 17 个生物样本。已保存的单元格数值也不证明重新计算过公式
PPTX	打开幻灯片，选择左侧 Page 2 缩略图或 Next，检查 2 / 2。使用 Find 搜索 normalization，核对方法页的匹配。Notes 显示文件自带的讲者备注；此处不是演示文稿编辑器
TIFF	用 Next page / Previous page 切换。两页分别显示原始文库大小和有计数基因的中位数。Zoom in / Zoom out / Reset zoom 只改变视图；解释图像前确认 Page 1 of 2 或 Page 2 of 2
JSON	打开摘要文件检查源码、标识符和数值。它以代码显示，不是可展开的对象树
HTML	打开阅读表格，Source 查看 HTML，Render 返回排版视图，两者都不会重跑 QC

出现 Preview unavailable → Open this Office file in your default app to view it. 时，本地文件可使用 Open，托管上传文件可使用 Download，再通过兼容应用打开。内置预览无法显示时，仍可用这条路径查看原文件。

其他受支持的预览

下表列出各类文件可用的预览方式与控制入口。

类型	检查重点	控件与边界
PDF	页码、可读文字、源文件	缩略图、目录、文档搜索、翻页、缩放、文字/区域选择；扫描页可能没有可搜索文字
代码/文本	所需代码块是否完整、语言	行号、语法显示、复制/下载；超大内容可能受限
JSON / HTML	结构或渲染内容	渲染不代表允许以应用权限执行代码
图像 / TIFF	分辨率与目标图	缩放/平移；TIFF 使用专用渲染流程
Office	托管渲染是否成功	DOCX/XLSX/PPTX 不可预览时下载后外部打开；不等于完整 Office 编辑
生物序列	序列身份和范围	支持的 FASTA 使用序列视图
分子结构	解析模型和表现方式	旋转、缩放、平移及支持的 Cartoon/Stick/Sphere/Surface/Line；缺少结构信息可能禁用某种表现
未知格式	文件名、大小、回退提示	下载到合适软件查看；扩展名不证明内容有效

PDF 上下文只关联当前任务需要的论文，后续不应使用时取消关联。每会话最多关联三份 PDF。没有附全文的文献条目提供元数据，不代表模型已阅读全文，见文献库。

图表源码与不同格式的控件

对话中的 Mermaid 图渲染完成后，可在操作栏点击 View source 查看图表原文，View diagram 返回图形。渲染前不提供此切换；图表被错误面板替代时，切换不可用。切换仅改变显示，不修改分析或源文件。

示例 切换 Mermaid 图表与源码

在新会话请求：显示一个 Mermaid 流程图，包含三个步骤：附加文件 → 检查预览 → 保存报告，不要加入文件链接。 渲染完成后，将指针移到图上，选择 View source，核对三个节点。选择 View diagram 返回；标签过小时使用 View fullscreen。

流程图展示请求中的步骤。检查已保存文件时，请打开实际文件卡片；流程图节点本身不是产物引用。

格式	应检查的行为
单页 PDF	不显示多页 Reading 入口，使用普通 PDF 预览控件
CSV	检查显示范围，有限预览不能当作完整输入或导出
Office 工作簿	检查所选可见工作表及渲染错误，不支持的编辑使用原文件
TIFF	先检查选中页和渲染结果，再解释像素或样本值
JSON	格式重要时核对保留的源文本
Markdown 表格	聚焦表格操作，使用键盘访问复制、下载和全屏控件

提取 PDF 图片与表格

需要从 PDF 取得图片或可复用表格时，打开会话中上传的 PDF、生成的 PDF，或文献库中可读取的 PDF。只有文献元数据不能作为提取输入。上传的 PDF 同样支持 Figures & Tables 分析，无需先建立文献库记录。

1. 打开 PDF 预览，选择 Original PDF 旁的 Figures & Tables。
2. 首次使用时选择 Download and continue，等待模型下载和完整性检查，随后会自动开始分析。资源已安装且页面提供 Analyze PDF 时，选择该按钮。
3. 查看逐页进度。完成后选择候选图表，用 Show in PDF 对照原文页面、图注及周围文字。
4. 图片可在图像预览中使用 Copy image 或 Download image。表格选择 Table，再选择 TSV、HTML 或 Markdown，使用对应复制/下载操作；需要检查原始裁图时选择 Image。
5. 重新打开导出文件，检查行列对应、合并表头、单位、脚注和跨页内容，再用于分析或报告。

模型资源下载后，提取在本地运行。重新打开同一 PDF 可以复用缓存结果；需要重新提取时使用 Analyze again。需要停止时使用进度中的取消控件。分析未完成时，先检查失败页提示，不要把当前可见候选项当作整篇文档的全部图表。

Unplaced table text 和 Table notes 保留需要人工核对的内容。结构化单元格不可用时，对照原始裁图和 PDF，不要推测缺失单元格。此提取流程暂不支持扫描页和旋转页；提取不可用不等于 PDF 本身不能阅读。

从上传的论文中提取图片

案例演示 检查 Lang 等人 2019 年论文的图 1

使用 Non defect-stabilized thermally stable single-atom catalyst 的出版方 PDF，作者为 Lang 等人，采用 CC BY 4.0 许可。截图展示该论文图片在 Open-Science 中的实际显示。

1. 在会话中通过 + → Attach files 添加 PDF，发送消息后打开上传的附件卡片。
2. 选择 Figures & Tables。首次使用时完成 Download and continue，等待页面显示 Analysis complete。
3. 在索引中选择 Fig. 1。本例上传副本的图片位于 PDF 第 3 页。对照图像分面与图注；提取出的图片是供检查的证据，不是新的研究发现。

4. 选择 Show in PDF，确认原文预览显示 3 / 10，对照分面标签、比例尺和曲线。引用前，用原文解决页码或图注不一致的问题。

让 Agent 读取已提取的图表

1. 打开目标 PDF，使用 Read with agent 将它链接到当前会话，并在 Figures & Tables 完成相关页面的分析。发送问题前，确认输入框中仍有该 PDF 的阅读上下文。只有文献库记录不等于已链接 PDF，链接本身也不会启动这项分析。
2. 提问时指明具体的图、表或算法，提供编号或页码，以及要回答的问题。
3. 查看工具活动：list_pdf_elements 列出可用的提取元素，read_pdf_element 读取所选证据。要求回答标明来源页码，以及缺失或不确定的内容。
4. 对照原图或原表，核对表头、单位和注释。若尚未提取或结果不完整，先分析缺失页面再重试；只有图注不能证明趋势或精确表值。

示例 要求读取已链接论文的表格证据

从已链接 PDF 的提取元素中读取 Table 1，报告物理 PDF 页码、列标题和与我的问题有关的数值。保留单位与脚注，明确说明缺失单元格或提取不完整的地方。

这些工具读取已有提取结果，不会自行启动 PDF 分析。表格可能分批返回，图和算法内容可能以图片提供。需要图片证据时，确认所选模型支持相应输入；图片已送达不等于已正确解读。

主动加载远程媒体

模型回复引用的远程图片、音频和视频，需要你主动加载。操作前阅读控件显示的目标主机。授权只针对当前媒体元素及其地址，不覆盖所有后续回复或整个域名；关闭预览也不能撤回已经发出的请求。

含远程图片的 Mermaid 图可能在加载前被阻止；需要时可要求生成不含嵌入图片的普通图。图片发送给模型时，Open-Science 会移除模型输入副本的附加元数据，原文件保留。这不会移除图片画面中直接可见的敏感内容。

下载后核对原文件

打开目标预览，选择 Download，在系统保存窗口确认文件名和位置，然后保存。重新打开下载副本，检查内容。下载保存的是原文件；TIFF 翻到第二页或 Excel 切换工作表不会把下载限制为当前页或工作表。

预览失败时

先确认保存成功，再核对版本和格式。尝试下载，区分渲染器限制与文件不可用。本地文件在外部修改后，可用 Reload 重新读取。不要为修复显示而覆盖输入。排查时记录文件名、类型、大小、应用版本和报错，不必分享无关私有内容。

实现依据：Mermaid、PDF 条件、CSV、Office、TIFF。

专业格式的入口、控件和文件要求见科学查看器。

批注 PDF

打开 Notes & Annotations 管理高亮、区域标记、页面笔记和文档笔记。Show notes sidebar 可以把笔记显示在原文旁。下载菜单区分 Download original PDF 与 Download PDF with annotations。完整的阅读、搜索与导出步骤见 PDF 批注与文档笔记。

首次使用 Figures & Tables 安装本地模型时，如果主下载源无法访问，应用可以尝试受认可的备用镜像。等待下载和完整性检查完成后，再选择 Analyze PDF。镜像不会省去本地资源安装；已有缓存结果可以直接重新打开。

第一条消息就读取 PDF

1. 在 Library 打开一篇已有可读 PDF 的论文，选择 Read with agent。
2. 选择目标项目和 New conversation。确认输入框的 Reading 下出现该 PDF，预览显示 In session context。
3. 直接发送问题，不需要先发一条介绍消息再关联论文。

案例演示 询问 Lang 等人 2019 年论文中的稳定机制

本例使用 Non defect-stabilized thermally stable single-atom catalyst 这篇 CC BY 4.0 开放获取论文，主模型采用 Codex subscription。

Using the linked PDF, explain how Lang et al. distinguish non-defect
stabilization from defect trapping. Give the paper title and DOI,
two specific findings with PDF page or figure locations, and one
limitation. Keep the answer in English and cite only evidence you
can actually read.

回复检索关联 PDF 中的段落，给出论文身份、机制和可回查的位置。并排打开原文与回复，逐条核对引用。正文提到某个图号，不代表图像已经提取或被模型识别；需要图像证据时，使用 Figures & Tables。

高亮和整篇笔记的用法见 PDF 批注。

保留来源网页的登录状态

来源网页的内置浏览器预览会在再次访问及应用重启后保留登录会话等站点状态。若页面需要已有账户访问，可在该来源页面完成登录后继续阅读。关闭预览不等于退出站点账户；需要退出时使用站点自己的退出入口。保留登录状态不会自动授予代理全文读取权限，也不会改变网络访问规则。

直接提问刚上传的 PDF

案例演示 在上传论文中定位热稳定性的证据

本例使用上文同一篇开放获取的 Lang 等人论文，将本地 PDF 上传到使用 Codex subscription 的新会话。

1. 点击 New → + → Attach files，选择 PDF，等待上传完成。
2. 打开附件，确认首条请求发送前已经显示 Reading 上下文。
3. 发送以下问题，再展开阅读工具结果，检查回答中的页码。

Read the attached paper. Identify its title and DOI, and tell me which
figure shows the experimental evidence for thermal stability. Give the
PDF page and distinguish the paper text from any figure image you can
inspect. Keep the response in English.

回答根据论文正文及图注定位到 PDF 第 3 页的图 1，并给出 DOI 10.1038/s41467-018-08136-3。打开第 3 页，逐一核对引用的面板。文字检索本身没有提供提取后的图像：回答明确区分了可读文字与无法查看的图片。需要图像解读时，先使用 Figures & Tables，并检查提取区域。

翻译整篇文档

在 PDF 工具栏打开 Full-text translation，准备全文、选择受支持的模型并保存可继续的译本。模型要求、原文／译文对照和 PDF 导出见 PDF 全文翻译。核对图表与引文时应保留原文。

检查提取后的科学结构

完成 Analyze PDF 后，将一张图和一张表与原始页面对照。确认图像包含所有面板及对应图注／图例，表格保留分组表头、行分组、单位和脚注。相邻公式或正文不应被误当成单元格或图注。v0.37.1 改进这些边界与单元格来源引用，复用数值前仍须核对。旧的提取结果不完整时，使用阅读器提供的重新分析入口，再比较新元素，之后才替换下游表格。

v0.37.2 进一步修正图表内容的归属以及旧式 PDF 数学符号的解码。复制公式或表格数值前，对照原始页面检查负号、希腊字母、上下标和运算符；提取结果更整齐不代表科学表达已核对无误。

v1.0.0 进一步改进原生表格与图片内容归属，包括重复记录、稀疏列和科学分式。核对表格时，原文未说明重复的行应保留为独立记录；对照原页检查分子分母、分组标签和空单元格，不要从相邻正文猜填空值。

检查 PDF 搜索覆盖范围

PDF 搜索提示覆盖不完整时，当前匹配仅来自可搜索的文本。没有命中不代表整篇论文不存在该内容。请回到原 PDF 检查相关页面，特别是扫描页、图、公式和表格。Reader 模式提取和翻译能够保留更多结构，但核对内容仍应以原 PDF 为准。

查看 DOCX 预览时，引用或分享前将连续编号和表格边框与下载的文档核对。

生成 DOCX 时保留 Word 模板

将 .docx 模板附到会话中，请 Agent 在保留布局、表格格式、边框和分页结构的基础上生成另一份报告。明确哪些内容需要替换、哪些模板元素需要保留。v1.0.5 改进了这些格式的保留，但不同 Word 兼容阅读器的显示仍可能存在差异。

打开生成文件的预览，再下载到实际用于交付的 Word 应用中检查。分享前核对表格宽度、分页、页眉页脚和长文本。保留原模板，方便对照与修改。