文献库与引用
在线找文献时，在会话中说明主题、年份范围和筛选条件，再到 Library → Inbox 审阅候选记录。实操见组会主题检索工作流。Search references 用于筛选 Library 中已有的记录，不会执行在线文献检索。
文献库是共享的本地书目。项目和集合引用其中的条目，把同一论文加入另一个集合无需复制。本章使用核心阅读清单中的三篇真实 PRISMA 论文；工作流负责研究目标和验收，本页说明页面控件及条目生命周期。
需要复用附件 PDF 中的图片或表格时，按 PDF 图表提取操作。导入元数据或自动获取全文本身不会完成图表提取。
选择正确视图
从 Home 或工作区进入 Library，Back to Home 返回项目。文献库内 Settings 打开引文样式，不是全局模型设置。
| 视图 | 内容 | 用途 |
|---|---|---|
| Inbox | Agent 发现、等待审核的候选 | 接受前核对身份和来源 |
| All references | 已接受的活跃条目 | 搜索、编辑、整理 |
| Duplicates | 标识符/元数据疑似重复组 | 比较后再决定合并 |
| Trash | 已移除条目 | 恢复或明确永久删除 |
| Project | 与项目关联的文献 | 保持研究问题相关范围 |
| Collection | 主题分组，可嵌套 | 跨项目复用阅读集合 |
添加或导入条目
点击 Add 选择来源。选择一份 PDF 进入元数据编辑器，选择多份则打开 Import PDFs。
| 入口 | 输入 | 保存前检查 |
|---|---|---|
| Add reference | 手填书目 | 必填标题、文献类型和标识符 |
| Import PDF | 一份或多份本地 PDF | 对照每篇论文检查提取的元数据；多文件走下面的批量流程 |
| Import references | BibTeX、RIS、NBIB | 有效/无效记录、目标和标识符匹配 |
导入一批选定的 PDF
导入一批选定的 PDF
- 选择本次阅读集合需要的 PDF，等待元数据提取。应用可通过识别出的 DOI 补全书目字段，仍需与论文核对。
- 确认 Import to 显示的是预期目标；目标来自启动导入时所在的文献库视图，在 When identifiers match 选择下表中的处理方式。
- 使用单项复选框或 Select all 选择本批文件；Show more 显示更多已列出的文件。
- 点击 Import selected，检查总进度与每个文件的状态；失败文件不算导入完成。
- 需要停止时点击 Stop，等待 Stopping… 结束。已经提交的条目保留，正在提交的操作可能先完成。
- 停止后，选择仍为 Ready 的文件，点击 Import selected 继续。如果失败后显示 Retry unfinished，用它重试未完成项。尤其在 PDF 上传中断后，先检查保留下来的条目，再决定是否重新发起导入。
- 对话框提供 Done / Close 后退出，打开目标位置核对条目和 PDF。导入前的 Cancel 放弃准备。
| 标识符匹配策略 | 结果 |
|---|---|
| Reuse existing reference | 复用匹配记录，不重复创建书目 |
| Keep as separate reference | 保留独立记录，之后再比较和去重 |
| Fill empty fields | 补空字段，保留已有及冲突值 |
批量状态包括 Pending、Reading…、Ready、Importing…、Completed、Failed、Skipped。选中文件、元数据准备就绪和导入完成是不同阶段。若显示 PDF upload cancelled. The reference was kept.，检查保留条目的附件；取消上传没有删除书目条目。
选择 Reuse existing reference 时，如果 PDF 提取的标题或 DOI 未匹配，仍可能创建独立条目。导入后逐篇打开，核对标题和 DOI；修正身份后再合并重复条目。Completed 表示导入完成，不代表识别准确。
停止批量导入并保留已完成项
停止批量导入并保留已完成项
Stop 允许当前条目先完成。逐行检查状态：Completed 条目保留且不能再次勾选；选择剩余 Ready 行，再用 Import selected 继续。失败后若出现 Retry unfinished，先处理所报原因，再重试并检查已完成记录没有重复导入。
出现 The reference was kept. Retry to finish adding its PDF. 时，文献条目已保存，附件尚未完成。确认原 PDF 仍在选取的位置、可以打开，再点击 Retry unfinished。重试会继续处理未完成行；完成后回到原集合，打开 PDF 检查内容。若提示结果无法确认，先检查文献库，再决定是否重新导入。
从其他文献管理器迁入书目
从其他文献管理器迁入书目
案例演示 用三种匹配策略导入 PRISMA 书目
先打开目标集合，再选择 Import references 和 .bib、.ris 或 .nbib 文件。预览显示识别格式、目标位置、新增／已有／跳过数量和匹配条目。展开 View details，核对题名与作者后再导入。书目导入不会下载 PDF。
| 策略 | PRISMA 声明的实测结果 |
|---|---|
| Keep as separate reference | BibTeX 新建一条记录，Duplicates 随后出现一个 DOI 匹配组 |
| Reuse existing reference | RIS 复用一条记录，新增、跳过、失败均为零 |
| Fill empty fields | PubMed NBIB 记录补入 PMID 19621072 和 PMCID PMC2707599，原题名与五个作者条目保留 |
点击 Import references，等待 Import complete，核对 Created／Reused／Skipped／Failed 后选择 Done。重新打开条目检查字段，导入数量不能证明元数据准确。补空字段可以增加标识符和期刊缩写，同时保留完整期刊名。
审核 Inbox 来源
案例演示 审核三篇 PRISMA 候选
打开候选标题或 View details，检查 Provider、源链接、DOI 等标识符，与出版社核对年份、作者顺序、期刊。Accept 加入文献库，Dismiss 移出待审队列。批量操作前确认勾选范围。
本例的三篇候选已逐条接受，Inbox 清空。Provider 匹配只是初始记录，不代表书目完整无误。标题中的 2020 对应声明论文的发表年份是 2021；两篇 2009 论文的 DOI 和作者列表不同。
检查和修正元数据
条目 More actions → Edit metadata 打开当前字段。Complete metadata 会查询来源，与纯本地编辑不同。
| 字段/控件 | 输入与作用 |
|---|---|
| Reference type | 论文、综述、预印本、书籍、数据集等支持的类型 |
| Title | 必填，保留发表标题 |
| Year / Publication | 发表年份与期刊/载体，不一定等于标题中的年份 |
| Advanced settings | Volume、Issue、Pages、Publisher、Place、Edition |
| Add creator / Remove creator | 新增或移除草稿中的作者行 |
| Creator role | 按来源选择 Author、Editor 或 Translator |
| Name type → Person | 填写 Given name 和 Family name |
| Name type → Organization | 填写机构完整名称，不拆成虚构人名 |
| Add identifier | DOI、PMID、PMCID、ARXIV、ISBN、ISSN、OTHER 类型和值 |
| Preferred for DOI / ISSN 等 | 选择该类型的首选标识符；不是所有类型共用一个单选项 |
| Remove identifier | 移除草稿标识符行 |
| URL / Abstract | 来源地址与摘要 |
| Save | 保存有效更改 |
| Cancel / Close | 放弃草稿 |
案例演示 将 The PRISMA Group 保留为机构作者
补充 The PRISMA Group 时，选择 Add creator → Creator role: Author → Name type: Organization，填写完整名称并 Save。重新打开条目，确认机构位于四位个人作者之后，再将生成引用与出版方作者列表比较。
整理已接受记录
使用 New collection，填写必填 Name 与可选 Description，点击 Create collection。说明用于整理，不是 Agent Context；Cancel/Close 放弃草稿。在 All references 勾选条目，使用 Add to collection / Add to project。完成后勾选清空，增加另一个目标时重新选择。
详情中的项目/集合复选框显示关联。Manage Tags 分配标签，表格一至五星是人工标记，不是自动证据质量评估。Clear selection 清除选择而不改变条目。
| 表格控件 | 范围 |
|---|---|
| Search references | 标题、作者、期刊、标识符、摘要、笔记等书目字段 |
| Sort references | 更改显示顺序 |
| Filters | 按类型、年份、标签、全文状态等筛选 |
| Customize | 选择/重排显示列 |
| References per page | 25、50、100 行 |
| 行复选框 / Select all | 设置批量操作目标 |
| Export | 导出所选书目，不自动打包全部 PDF |
文献库总数与当前搜索、筛选结果数分别统计。批量操作前核对当前视图和选择数量，筛选结果变少不代表条目被删除。
判断条目丢失前清除搜索和筛选。关联项目/集合不会为各目标建立独立元数据副本。
添加并阅读全文
Find full-text PDF 检查适用的 Europe PMC/PMC、OpenAlex、Unpaywall、arXiv；标识符和联系方式/凭据决定适用来源。点击 Add attachment 前核对来源、版本标记和 URL。
案例演示 为 PRISMA 2020 条目补充出版社 PDF
找到来源后，如果 Add attachment 失败，从出版社下载公开 PDF，再通过同一条目的 Add PDF 上传。打开附件，对照出版记录检查标题及 DOI。本例的 Preview prisma-2020-statement.pdf 显示了对应的 PRISMA 2020 论文：806.1 KB、15 页。
找到来源不等于附件已保存，附件存在不等于 Agent 已阅读全文。Read with agent 为后续请求提供上下文。Composer 的 @ 可选精确条目、项目 Library 或 Collection；集合提供检索范围，不会自动装入全部全文。PDF 控件见预览。
找不到公开副本时保留已核对元数据，适当使用合法获取的本地 PDF。后台查询/下载任务可提供当前条目后暂停、恢复、审核、取消；取消不撤销已完成的前面条目。
分批补全文，暂停后继续
分批补全文，暂停后继续
- 在文献列表选择目标条目，打开所选项的 More actions → Find full-text PDF。
- 等待检索开始。需要暂停时点击 Pause；当前条目处理完后才进入暂停状态。
- 核对 Checked 和 Pending 数量，再选择 Continue search。关闭面板后，可从 Background tasks → Open 返回同一任务。
- 检索结束后检查每条候选来源与警告，选择需要的项目，再点击 Add selected。
- 下载阶段也可暂停，之后用 Continue download 继续。检查最终 Added / Failed / Skipped 状态，并重新打开成功附件。
- 不再需要待审核任务时，在 Background tasks 使用 Remove task。移除后检查该任务已消失，并确认文献与附件仍可打开；移除任务不等于删除文献或附件。
暂停的检索会保留已检查与待处理条目。继续或重新打开任务后，检查最终数量和每条结果。找到候选来源与成功附加 PDF 是两个不同结果。
有来源但无法添加 PDF
有来源但无法添加 PDF
若出现 PDF could not be added，检查来源是否要求登录、链接是否有效、文件是否超过提示的大小限制，以及当前代理/DNS。不要反复创建同一文献。
如果 PDF 来源被解析为 198.18.x.x 等保留地址，下载模块会拒绝它。按网络恢复可验证的公网解析后重试，不要关闭地址检查。若已有合法下载的 PDF，可用 Add PDF，然后核对标题、DOI 和页数。
格式化与复制引文
进入 More actions → Citation，选择 Citation style，检查完整条目及文内形式，再用 Copy reference / Copy in-text citation / Copy BibTeX / Copy RIS。使用前对照原来源核对作者、年份、标点和 DOI，格式转换不会修复缺失字段。
Manage citation styles… 打开样式管理，内置 APA、MLA、Chicago author-date、Vancouver、IEEE、Nature、AMA、Harvard。Preview 显示格式样例，Browse styles 打开外部目录，Import CSL 导入本地样式。下文已验证 PLOS CSL 的导入和使用。复制与文件导出是不同操作，迁移书目时应分别检查。
导入期刊样式后核对真实引文
导入期刊样式后核对真实引文
案例演示 为 PRISMA 条目应用 PLOS 引文样式
在 Library → Settings → Import CSL 选择从 CSL 样式仓库下载的独立 plos.csl。本例中，Imported styles 由 0 变为 1，并显示 Public Library of Science。返回真实 PRISMA 条目的 Citation，在 Citation style 中选择该样式，核对生成的编号引文与 [1] 文内引用。样式预览中的示例文章不属于你的文献库，正式引用应以实际条目为准。
复制引文或导出可复用记录
复制引文或导出可复用记录
案例演示 复制并往返导出 PRISMA 引文记录
Citation 的四个复制按钮写入不同格式。粘贴到目标编辑器，检查结果后再离开面板。
| 按钮 | PRISMA 2009 的核对结果 |
|---|---|
| Copy reference | APA 引文保留四位个人作者、The PRISMA Group、年份和 DOI |
| Copy in-text citation | (Moher et al., 2009) |
| Copy BibTeX | @article 记录，机构作者使用额外花括号包围 |
| Copy RIS | TY - JOUR 记录，含作者、题名、年份和 DOI 字段 |
需要文件时，关闭 Citation，勾选表格行，选择 Export → BibTeX 或 RIS。在系统保存窗口选择位置，等待 Saved。导出的是书目记录，不包含 PDF 附件包。将保存的文件重新导入测试集合，选择 Reuse existing reference 并核对匹配数量。两份 PRISMA 导出文件均复用了已有 DOI，没有新增记录。
这里的 BibTeX 保存年份和月份，往返后为 2009-7；RIS 保留 2009-07-21，合并时应核对日期精度。普通 RIS 作者字段在其他管理器中不一定保留独立的机构类型；如需保持该区别，应检查导入后的作者编辑器。
去重与恢复条目
案例演示 合并并恢复 PRISMA 条目及其附件
保留一条记录及其附件
保留一条记录及其附件
- 打开 Duplicates → Review duplicates。检查范围是整个文献库的活跃记录，不限当前集合。
- 在 Keep reference 选择身份已核对的记录，比较 DOI、作者、附件数量和添加时间。Show all fields 展示冲突视图中隐藏的其他字段。
- 逐项选择冲突字段来源。例如 PRISMA 的 BibTeX 往返中，保留完整日期
2009-07-21，而不是2009-7。空字段可从另一条记录补入。 - 核对 After merging 的附件、集合和项目数量，再点击 Merge references；Cancel 保持记录分开。
- 重新打开保留条目，检查元数据、关联和 PDF 正文。被合并的条目在 Trash 中标为 Merged duplicate。
标题被提取为 pmed.1000097 1..6 的 PDF 最初没有进入重复组。核对论文后，修正标题并补入 DOI 10.1371/journal.pmed.1000097，才出现匹配组。本例合并到已核对的书目条目后，保留了 1 份 PDF、2 个集合关联和 1 个项目关联；六页 PDF 可重新打开。先确认论文身份，不能只凭文件名相似就合并。
恢复误移入回收站的文献
恢复误移入回收站的文献
行菜单 More actions → Move to Trash 会从活跃文献、项目和集合视图移除该条目。在 Trash 搜索标题或标识符，打开行菜单并选择 Restore。应先恢复再编辑、预览或导出：这些控件在 Trash 中被禁用。返回原项目与集合检查关联。本例的 PRISMA 条目恢复后，PDF 和三个关联均保留。
永久删除不需要的重复条目
永久删除不需要的重复条目
在 Trash 选择 More actions → Delete permanently，阅读确认范围；Cancel 保留条目。确认后删除选中文献及元数据，不再共享的附件文件随后清理。历史输出保留，搜索索引另行过期，因此它不是安全擦除。删除前导出仍需保留的内容。
删除后检查所选记录已从 Trash 消失，保留的文献及附件仍可打开。解除集合关联、移入回收站和永久删除分别作用于不同范围。
附件更改与并发编辑
移除附件前，阅读删除确认并核对目标文件和版本；通过可用的版本历史查看旧附件版本。删除 PDF、把文献移入 Trash、永久删除文献的范围不同，历史对话中保留的证据还可能限制文件清理。
另一客户端在编辑期间修改了集合时，过期保存可能被拒绝。重新打开最新集合，比较已保存值与本次修改，再重试。保存后的刷新或清理报错不一定表示保存失败，应先检查实际条目再重复操作。