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PDF 批註與文件筆記

閱讀 PDF 時，可以在段落旁記錄問題、標記組會要討論的圖，或為整篇論文整理筆記。批註屬於應用管理的檔案版本，重新開啟該版本仍可檢視。儲存批註不會向 Agent 傳送訊息，也不會改寫原始 PDF 檔案。

選擇合適的閱讀工具​

工具儲存什麼在哪裡檢視
PDF 的 Notes & Annotations某個 PDF 版本的高亮、區域標記、頁面筆記和文件筆記PDF 的筆記頁或側欄；筆記與引用文字也可在全域搜尋的 Library 中找到
For me 私人書籤屬於某個會話的閱讀位置和可選備註該會話的 Bookmarks 列表，見私人閱讀書籤
To Agent 標註準備交給 Agent 的問題或指令材料目標訊息的草稿，檢查後再傳送

標記段落並記錄問題​

案例演示 為單原子催化組會整理閱讀筆記

本例使用 Lang 等人的開放獲取論文 Non defect-stabilized thermally stable single-atom catalyst，它也是組會工作流中的文獻。先從出版社取得 PDF，匯入文獻庫，再從文獻行開啟 PDF 附件。本例圍繞論文如何支援其穩定化機制提出閱讀問題；給摘要加高亮本身不等於獨立驗證該機制。

  1. 在 Original PDF 中找到段落並核對頁碼，文字太小時先調整縮放。
  2. 選擇 Annotate selected text，拖選文字。Mark style 用於選擇文字標記樣式。本例高亮第一頁摘要的開頭部分。
  3. 開啟 Annotation note，輸入問題或閱讀提醒，再選擇 Save。本例提醒讀者比較缺陷穩定化與論文提出的共價金屬—載體相互作用，並核對實驗依據。
  4. 點選 Show notes sidebar，讓已儲存的筆記顯示在原文旁。使用 Add tag 新增已有標籤，本例選擇 Favorites。
  5. 標記結束後切回 Select。需要調整最近的批註操作時，使用 Undo annotation change 和 Redo annotation change，無需修改源 PDF。

原始 PDF 旁顯示已儲存的高亮和閱讀筆記

處理圖表或掃描頁時，可以使用 Select area to annotate 框選目標區域。區域標記用於保留位置，本身不會提取文字或驗證圖表；無法選中文字時，仍可用它標記需要回看的部分。

整理頁面筆記和整篇筆記​

  1. 開啟 Notes & Annotations，或從側欄選擇 Open full notes view。
  2. 對整篇論文的問題，使用 Add note → Add document note；針對某一頁的問題，使用 Add page note，儲存前核對頁碼欄位。
  3. 輸入筆記並點選 Save。本例的整篇筆記詢問：加熱後，哪些顯微、光譜和催化測量證據能夠區分孤立原子與奈米顆粒。
  4. 透過 Search & filter 按筆記文字、型別或標籤篩選。側欄中的 All notes 和 Current page 用於切換全部批註與當前頁批註。
  5. 點選段落或區域筆記的 Show annotation source 返回儲存的位置。Edit annotation note 修改評論；Delete annotation 刪除該批註，不會刪除 PDF。

完整筆記頁中的文件筆記、原文引用和帶標籤的高亮

從其他頁面找回筆記​

按 Cmd/Ctrl+K 開啟全域搜尋，輸入筆記中的短語，再選擇 Library。本例搜尋 covalent metal-support。選中結果後，分別檢視 Notes 中的筆記和 Quoted text 中的原文引用，再點選 Show annotation source 開啟 PDF 並返回標記段落。

全域搜尋分別顯示閱讀筆記和引用的 PDF 原文

回看時核對檔名、檔案版本和頁碼。PDF 筆記不會自動成為給 Main 的新訊息或指令；需要向 Agent 提問時，使用 To Agent，並在傳送前檢查草稿。

匯出筆記或閱讀副本​

輸出操作方法檢查內容
Markdown 或 CSV 筆記在 Notes & Annotations 選擇 Markdown 或 CSV，再點選 Export notes開啟匯出檔案，檢查引用、評論、頁碼和標籤；篩選後出現的 Export filtered notes 只匯出當前子集，需要全部筆記時先清除篩選
帶批註的 PDF開啟 PDF 下載選單，選擇 Download PDF with annotations另存為獨立檔案，用 PDF 閱讀器開啟，檢查高亮和筆記內容，不能只確認檔案存在
原始 PDF選擇 Download original PDF儲存原始檔，不把文件筆記中的標記寫入原始檔案

原始 PDF 與帶批註 PDF 使用不同的下載入口

本例儲存了兩條筆記：一條附有評論的高亮，以及一條整篇文件筆記。二者均保留在 Markdown 匯出和 CSV 匯出中。帶批註 PDF 保留論文的十頁內容並加入高亮和筆記，原始下載檔案則單獨保留。原文摘錄來自 Lang 等人的論文，遵循該論文的 CC BY 4.0 許可；評論是本例的閱讀問題。

筆記的共享範圍​

從 v0.35.1 起，應用核驗為相同 PDF 內容的受管理檔案版本可以跨專案、跨會話共享同一份文件筆記，包括文獻庫附件、上傳檔案和產物。核驗依據是檔案內容的校驗值與大小，不是檔名或 DOI；同名檔案不一定共享筆記。修訂稿的內容改變後，不應假定舊標記自動適用。

在另一專案開啟同一份 PDF 後，進入 Notes & Annotations 檢查原有筆記，再使用 Show annotation source 核對所在頁及原文。如果筆記沒有出現，先確認是否開啟了相同內容的版本，以及檔案是否仍可讀取。

這些筆記儲存在本機，不會跨裝置同步。交接時匯出筆記或帶批註 PDF，並檢查接收者實際拿到的內容。這不會改變私人會話書籤的規則，也不代表所有閱讀筆記都會包含在 .science 研究包中。

按需顯示筆記入口​

v1.0.0 中，選中、懸停或聚焦已儲存的標記時才顯示 Annotation note 按鈕。先點選高亮或區域，再開啟筆記按鈕閱讀或編輯評論。按鈕暫時隱藏不代表筆記被刪除。需要瀏覽全部筆記時用 Show notes sidebar 或 Notes & Annotations，再用 Show annotation source 返回標記位置。

讓 Agent 爲關聯 PDF 添加批註​

在 Reading 會話中，Agent 可以列出已有批註、定位段落或區域，並創建持久保存的高亮、區域標記或筆記。先關聯目標 PDF，再說明需要保存什麼；會話中的摘要不等於已保存的批註。

  1. 打開 PDF 並選擇 Read with agent，或通過 Composer 的 Reading 選擇器關聯 PDF。使用可編輯會話；導入的研究記錄需要先 Fork，才能繼續操作。
  2. 指定段落、頁碼或整篇文檔筆記，說明筆記應寫什麼，並要求 Agent 先檢查已有批註，避免重複添加。
  3. 展開 Reading 工具結果，覈對定位出的原句、頁碼和保存結果。找到目標不代表已經保存。
  4. 在同一 PDF 中打開 Notes & Annotations，確認新條目存在，跳轉到原文位置並閱讀筆記。內容不準確時，通過批註控件修正。
  5. 回覆中斷或操作報錯時，先重新打開批註列表，再決定是否重試。如果列表中沒有新條目，可使用上文的手動高亮或筆記控件，粘貼要保留的評論。

提示詞示例 爲原文添加閱讀提醒

In the linked PDF, find the sentence on page 2 explaining that the reporting
checklist is not a quality assessment instrument. Check existing annotations
first, then highlight the sentence and add an English reminder to assess
reporting completeness and methodological quality separately. Reopen the
annotation list and tell me whether the entry was saved.

Agent 的批註工具用於新增條目，不會編輯、刪除已有筆記或改寫源 PDF。多個標記會分別保存，請求中斷時可能已有部分條目寫入；先檢查列表，不要直接重複整段請求。同一託管 PDF 版本的批註會在打開它的各處共享，參見共享批註。

最後於 更新